10X VDJ测序可以得到VDJ的全长序列,而VDJ的全长序列一般有~650bp,那么是如何通过2X150bp的reads来实现的呢?前面的原理里面提到过酶切,得到不同长度的片段,测序之后会对得到的reads进行拼接从而得到VDJ全长序列。
$ cellranger vdj--id=sample345 \--reference=/opt/refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-3.1.0\--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \--sample=mysample \--localcores=8\--localmem=64 我们肯定想知道cellranger vdj执行的一般过程以及关键节点: image 其实我们完全是有必要cd...
传统免疫组库研究方式局限性较大,10X Genomics新推出的“单细胞免疫谱分析”利用其微流控芯片制备单细胞体系,选择5'端接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行V(D)J富集,实现在单细胞水平,对成对的重链和轻链(B细胞)或α和β链(T细胞)进行全长测序,为免疫组库全面、系统的研究提供了高效的技术平台,对疾...
首先,细胞和酶会结合凝胶珠然后包裹在油滴中,完成反转录并连接barcode来标记每一个单细胞。 每一个凝胶珠子上带有细胞Barcode,UMI和专门为VDJ测序设计的switch oligo。 PolyT会跟mRNA的ployA尾巴结合,并以mRNA为模板反转成cDNA,之后会在3'端加上3个C,这3个C刚好可以跟switch oligo末尾的3个G相结合。然后合成一...
10x Genomics Chromium GEM-X单细胞解决方案,是基于Chromium X系列仪器,将单细胞基因表达(3’)kit升级为Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4,将单细胞免疫组(5’)kit升级为Chromium GEM-X Single Cell Immune Profiling v3,此次试剂的升级,将大幅提升单细胞检测的性能,助力拓展肿瘤、免疫、发育、疾病等...
今天将主要介绍一下10x Genomics的单细胞及空间多组学技术,能在细胞治疗领域为我们带来什么。 1. 靶点的发现 文章题目:Multimodal analysis of composition and spatial architecture in Human squamous cell carcinoma 发表期刊:Cell 发表时间:2020年7月 本文来自美国斯坦福大学。研究人员结合单细胞转录组测序、空间转录组...
应用技术:10x Genomics单细胞5’转录组 + V(D)J 研究背景 截止到2020年3月21日,新冠肺炎COVID-19疫情已蔓延至160个国家,感染人数超过30万,死亡人数超过1万,被世界卫生组织(WHO)宣布为国际关注公共卫生突发事件(PHEIC)。此次疫情的始作俑者是一种新型严重急性呼吸道系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2),可以引起...
另外,细菌的细胞太小,且没有ployA结构,自然不适合10X genomics的检测。 (2)分析层面的问题 同常规RNA-seq一样,10X RNA-seq/ST-seq需要将测序数据比对到作为参考的基因组,才能实现对基因的定量。那么参考基因组是影响分析结果的主要问题。10X RNA-seq/ST-seq由于只对转录本的3‘端或者5‘端进行测序,然后通过比...
Single Cell 5' v3 Gene Expression Libraries Recommended Sequencing: Minimum 20,000 read pairs/cell* Dual-Indexed Sequencing Run: Single Cell 5' v3 libraries are dual-indexed. We do not recommend sequencing 10x Single Cell 5’ v3 libraries with a single-index configuration. See:Can...
hello,大家好,今天我们来分享一个10X单细胞和VDJ联合分析的方法,PlatypusDB,关于转录组和VDJ联合分析的方法,之前也分享了不少了,这篇文章参考于Platypus: an open-access software for integrating lymphocyte single-cell immune repertoires with transcriptomes,2021年6月发表于NAR Genomics and Bioinformatics,方法值得一...