单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
测序得到的原始数据我们称之为 Raw reads,之后我们会根据 10X Genomics单细胞RNA Seq独特的文库结构,对 Reads 的 Barcode 、UMI 和插入片段部分进行拆分,之后插入片段部分将比对到参考基因组,然后统计比对到各个区域的比例,并进行表达量统计;基于表达量的结果, 进行细胞时间轨迹预测,细胞聚类等分析,基于差异表达的结果...
单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。 10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和baecode标记等技术来实...
2月份,Plant Physiology发表首篇植物单细胞高通量测序的文章,开创了单细胞测序在植物研究领域的应用。这篇文章以原生质体为研究材料,利用10X Genomics平台对单细胞进行标记,构建了拟南芥根尖分生组织图谱,揭示了单细胞高通量测序在植物研究领域的可行性。 基本信息 文章题目:Single-cell RNA sequencing resolves molecular r...
另外，10xGenomics的测序里不发生扩增步骤，因此，只有自身丰度比较大的polyA RNA才能被测到，量少的RNA...
文章题目:Global Dynamic Molecular Profiles of Stomatal Lineage Cell Development by Single-Cell RNA Sequencing 发表期刊:Molecular Plant 影响因子:12.084 发表时间:2020年6月24日 发表单位:河南大学孙旭武教授课题组 本文的研究对象为拟南芥幼苗子叶中分离的原生质体,通过10x Genomics单细胞测序技术,捕获了12844个单细...
single cell RNA-seq的barcode这么神奇,我们结合10x Genomics的说明书一起来分步骤详解一下。 先来看看这些区段都是用来做什么的。 由内向外: Poly(dT):用来和polyA结合,捕获mRNA UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞
文章英文名称:Single Cell and Plasma RNA Sequencing for RNA Liquid Biopsy for Hepatocellular Carcinoma 中文名称:将单细胞和血浆 RNA 测序用于肝细胞癌的 RNA液体活检 发表期刊:Clinical Chemistry 发表时间:2021年8月31日 影响因子:8.327 >>> 该研究将10x Genomics技术的单细胞转录组学分析和血浆 RNA 测序结合,...
时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高...
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