1. 人类子宫的全层单细胞图谱 为了生成人类子宫内膜细胞的时空图谱,研究者通过使用10x Genomics的单细胞转录组学和空间转录组学方法(Visium)来分析所有的子宫样本。来自 15 个个体的 98,568 个细胞进行降维聚类分析后得到14个簇,并分成五种主要的细胞类型。来自另外四个增殖期子宫内膜全层样本的 snRNA-seq 数据证实...
2022年,单细胞+空间多组学技术一定是发表高分文章强有力的组合!这不,今年1月20日,比利时根特大学Martin Guilliams研究团队利用10x Genomics单细胞+空间多组学技术研究人类肝脏单细胞空间多组学图谱的工作发表在Cell上!接下来小编将带领大家赏析一下这篇佳作。
1.生成小鼠肝脏的蛋白质基因组图谱 为了生成肝脏的蛋白质基因组图谱,作者首先利用小鼠肝脏比较了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序 (snRNA-seq),研究结果发现两者都可检测不同的细胞组成,其中单核RNA测序 (snRNA-seq)能更好的重现检测到的细胞频率。 随后,研究人员对18个样本(7个体外,11个体内)进行了单细...
1 单细胞RNA测序确定了AD小鼠的终末炎症性小胶质细胞状态 作者将5×FAD小鼠与小鼠Apoe位点中携带人APOE2、APOE3或APOE4等位基因的小鼠杂交以获得AD * APOE系(以下称为AD*APOE2、AD*APOE3和AD*APOE4),然后取了10周、20周、96周龄并且具有不同APOE基因型的小鼠海马、皮质区域,使用10x Genomics的3’V3以及5’...
图4 snRNA-seq 数据的空间标注 4.层富集基因表达谱的临床意义 本文通过将 Visium 空间转录组数据和临床基因数据与在不同神经精神疾病患者大脑中差异表达的基因相结合,证实了Autism spectrum disorder (ASD) 和 schizophrenia disorder (SCZD)中涉及的基因的优先在层富集表达。含有 de novo 突变的基因与自闭症相关,根...
百迈客是国内首批引进10xGenomics单细胞测序平台,使用Chromium系统采用先进的微流控、油滴包裹和barcode标记等技术实现一次性分离、高效标记捕获;同时具有10x 单细胞转录组、单细胞核转录组、空间转录组、单细胞免疫组库、全长转录组测序,实现10x平台全面优质服务;已经具...
作者将5×FAD小鼠与小鼠Apoe位点中携带人APOE2、APOE3或APOE4等位基因的小鼠杂交以获得AD * APOE系(以下称为AD*APOE2、AD*APOE3和AD*APOE4),然后取了10周、20周、96周龄并且具有不同APOE基因型的小鼠海马、皮质区域,使用10x Genomics的3’V3以及5’V2单细胞技术,获得了30868个细胞的单细胞图谱,通过对小胶质...
visualizationworkflowbioinformaticssnakemakescrna-seqsingle-cell10xgenomicsbiomedical-data-sciencecite-seqsnrna-seqsccrispr-seq UpdatedNov 19, 2024 R scpca-nf is the Nextflow workflow for processing Single-cell Pediatric Cancer Atlas Portal data nextflowscrna-seq10xgenomicsspatial-transcriptomicscite-seqrna-seq...
为了生成肝脏的蛋白质基因组图谱,首先检查了检索所有肝细胞的最佳方法。 使用鼠肝脏,使用通过离体或体内酶消化分离的细胞与单核 RNA 测序 (snRNA-seq) 比较了单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)。 使用每种技术,我们都观察到了不同的细胞组成(看来单细胞转录组和单核转录组表征细胞丰度上还是有差异)。
使用功能性single-cell genomics(单细胞 RNA 测序 [scRNA-seq] 和单核 RNA 测序 [snRNAseq])分析了来自 47 名重症 COVID-19 患者的组织样本和支气管肺泡灌洗液(BAL)液样本,多表位配体制图 (MELC)、免疫荧光 (IF) 显微镜、免疫组织化学 (IHC)、RNA 荧光原位杂交 (RNA-FISH) 和透射电子显微镜 (EM),辅以...