10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在单细胞基因表达检测方面,也就是scRNA-seq上的应用。 10X Genomics 一次测序可以捕捉100-80,000个细胞...
To gain further insight into the biological processes underlying the specialized “interface” region identified in our SRT and scRNAseq data, we performed pre-ranked gene set enrichment analysis (GSEA,这个分析大家应该都熟悉,但是现在一般GSVA用的多一点), using differentially expressed genes in the scR...
bioinformaticsgenome-assemblygenome-scaffolding10xgenomicslinked-readsbioinformatics-tool UpdatedApr 5, 2024 Python JDBLab/Pancreas_ductal_scRNAseq Star17 The following repository contains code for all scRNAseq analysis and visualization performed in the paper: Single cell resolution analysis of the human pan...
Single-cell RNA-seq reveals cell type–specific molecular and genetic associations to lupus Science, 2022 Richard K Perez, et al. Read on PubMed Featured datasets View all datasets 10k Human DTC Melanoma, Chromium GEM-X Single Cell 3'
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
为了研究增殖干细胞特征是否与低 p53 活性点共定位,利用了来自 d14 结肠的肠上皮细胞的单细胞 RNA 测序 (scRNAseq) 数据集,并确定了增殖干细胞群。我们将干细胞核心特征映射到 d14 结肠 ST 数据集,并将干细胞核心中得分高的点叠加到 H&E 部分。与我们的假设一致,含有高分的斑点与低 p53 活性一致。
实验技术:scRNA-seq 研究结果 从新鲜组织中鉴定出的肿瘤异质性在冻存重复样本中很大程度上是保守的。研究发现,从冻存组织片段或冻存细胞悬液制备的单细胞测序与从新鲜组织制备的测序细胞相当,冻存细胞悬液在基因表达方面与新鲜组织显示出更高的相关性。结果表明,冻存对下游分析(如生物通路富集)的结果影响极小。对于...
$10x Genomics(TXG)$最近也在写课题,结合scrnaseq+xenium+slacs,nanostring的geoMX再也不用了。指定aoi的bulk基因提取的结果很让人不满意,跟湿实验不matching。身边其他lab申请的课题也都优先考虑TXG的空转。TXG困境反转,熬过了最难熬的时光。自从上次17.8-18.00买入不少仓位,不知不觉间20%利润垫了。但我一股不会...
10x Genomics主要有两种技术,一个是可以测试DNA短序列的Linked-Reads,另一个是对单细胞进行RNA测序的scRNA-Seq。 Linked-Reads能够对DNA进行短读取以获取大量基因组信息。它通过对HMW DNA进行分区和编码,形成新的数据信息,再从这些短读取的信息中,获得完整的基因组信息。这种创新技术可以应用到多种检测过程当中,比如在...
PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH ##fastq文件名字要改为SRR6230316_S1_L001_R1_001.fastq.gz cellranger count --id=xx --transcriptome=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/refdata-cellranger-mm10-2.1.0 --fastqs=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5...