10X单细胞ATAC测序服务 10X scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequecing,单细胞染色质可及性区域的测序)是在单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网...
通过LSI,以与处理 scATAC-seq 数据集相同的方式处理 DNA 可及性。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- RunTFIDF(pbmc) pbmc <- RunSVD(pbmc) 5.注释细胞类型 将使用 Hao 等人 (2020) 的带注释的 PBMC 参考数据集,可以从这里下载:atlas.fred...
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
scATAC-seq数据标准分析 | 文献导读-绘制大豆单细胞基因表达和染色质可及性图谱 | 2024 Cell 349 0 15:07 App 文献汇报-2024-12(宋林轩) 388 0 10:44 App scATAC-seq标准分析 | 文献导读-整合单细胞分析揭示肾透明细胞癌的转录和表观遗传调控特征2 324 0 01:06 App 单细胞从入门到... 367 0 00:12...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
1) 10x scATAC+10x scRNA:转录组适合做细胞悬液的,组织分为两份,一份悬液做10x scRNA-seq,另一份直接抽核做10x scATAC-seq。转录组适合抽核的,抽一份核悬液,分开分别做单细胞转录组和ATAC。后续生信分析,可通过Find Transfer Anchors鉴定scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集的锚点进行整合分析。
生物体是复杂的,单细胞水平可以解决细胞异质性的问题,细胞间的差异不仅体现在基因组层面上,也体现在表观层面上。 10x 平台scATAC-seq的概述 单细胞层面研究表观基因组学 能控制较低的线粒体reads 每个channel 可以上样500-10,000核,通量高 65%的捕获率 ...
点击Send to,选择File,Format选择Accession List,点击Create File,下载自己要下载的SRR号列表 image.png cat SRR_Acc_List_scATAC.txt |while read id;do (prefetch -X 100G $id &);done #后台下载 参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/563699865 ...
最近,越来越多的证据表明,在其他单细胞探针中,包括scATAC-seq和全长scRNA-seq(例如SMART-seq2),在核和线粒体基因组上也可以观察到体细胞突变的一个子集。另一方面,生殖系变异(又称单核苷酸多态性,SNPs)在单细胞测序数据中被更广泛地观察到,即使是在液滴为基础的平台上,如10XGenomics,这要归功于庞大的候选列表...
10x单细胞ATAC测序(Singel Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,scATAC-seq),该技术可进行单细胞染色质易开放区域测序,展示表观遗传学⽅⾯的变化,并深入了解基因调控机制。 染色质可及性(chromatin accessibility):DNA与组蛋白结合形成核小体,核小体进一步折叠压缩后形成...