可先通过scRNA-seq方法聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行...
超详细0基础也能听懂的10x单细胞ATAC-Seq建库及测序原理生信单细胞入门ing如有版权问题请联系我, 视频播放量 2239、弹幕量 0、点赞数 52、投硬币枚数 29、收藏人数 129、转发人数 14, 视频作者 green笑笑笑, 作者简介 老板的牛马,相关视频:单细胞转录组全流程代码,存下吧
TSS富集在不同方法中也存在显著分层,10x v1.1、mtscATAC 和s3-ATAC得分≤ 21.7,10x v1、v2、multiome和HyDrop样本得分在25.2至27.6 之间,Bio-Rad ddSEQ得分平均为32.6。HyDrop (38.5%)、mtscATAC-seq (37.3%) 和s3-ATAC (18.9%) 中的FRIP显著低于Bio-Rad ddSEQ 和其他10x方法(57.3–62.7%)。 随着测序深...
1.导入scATCA-seq和scRNA-seq数据 library(Signac) library(Seurat) library(EnsDb.Hsapiens.v86) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) counts <- Read10X_h5("../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyte_sorted_10k_filtered_feature_bc_matrix.h5") fragpath <- "../vignette_data/multiomic/pbmc_granulocyt...
可先通过scRNA-seq方法聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行...
scATAC-seq实验、建库、分析的流程 单细胞表观层面研究的意义 生物体是复杂的,单细胞水平可以解决细胞异质性的问题,细胞间的差异不仅体现在基因组层面上,也体现在表观层面上。 10x 平台scATAC-seq的概述 单细胞层面研究表观基因组学 能控制较低的线粒体reads ...
与10x scRNA-seq的建库方法不同的是,scATAC-seq的凝胶微珠没有UMI的相关标签,这是因为scRNA-seq需要通过UMI标签区分同一细胞的不同转录本,而scATAC-seq是对细胞核中DNA的片段进行ATAC-seq测序。另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核...
10x scATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
安装cellranger-atac 参考: https://support.10xgenomics.com/single-cell-atac/software/pipelines/latest/installation 重命名fastq for file in *.fastq; do if [[ $file == *"_1.fastq" ]]; then mv "$file" "${file/_1.fastq/_S1_L001_I1_001.fastq}" ...
单细胞分析(Signac): PBMC scATAC-seq 整合 引言 在本教学指南中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞(PBMCs)的单细胞ATAC-seq数据集。 加载包 首先加载 Signac、Seurat 和我们将用于分析人类数据的其他一些包。 if(!requireNamespace("EnsDb.Hsapiens.v75",quietly=TRUE))BiocManager::install(...