ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、BS-seq、RNA-seq、Hi-C 主要内容: 通过ATAC-seq和ChIP-seq等技术手段鉴定了玉米穗部和雄穗发育过程中的开放染色质区域 (OCRs),并分析了这些区域周围的组蛋白修饰和DNA甲基化特征。利用RNA-seq数据集研究了穗部和雄穗中差异表达的基因,并探讨了这些基因的顺式和反式调控机制。通...
ATAC-Seq完整解决方案 染色质免疫沉淀(ChIP)和RRBS等方法使研究人员更容易在全基因组范围内研究表观遗传修饰。但是,这些方法的潜在局限性之一是您需要对什么表观遗传学机制在其中起作用有初步的想法。 ATAC-Seq向研究人员提供有关整个基因组中可及染色质的信息,而不涉及具体表观遗传学机制。许多研究人员已开始使用...
ATAC-Seq技术本身也会随着其它技术的不断发展而得到新的应用,比如将单细胞测序技术与其相结合的scATAC-Seq,是ATAC-Seq现阶段一个新的进展。 使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针，切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)（图2）。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下，从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入...
ATAC-seq能够检测到微弱的信号,有助于发现低丰度的调控元件。 操作简便 相比于其他染色质开放性分析技术,ATAC-seq的操作流程更为简便快捷,大大缩短了实验时间。 ATAC-seq作为一种新兴的表观遗传学研究工具,以其对样本要求低、高通量、高灵敏度和操作简便的特点,为科研人员提供了一个强有力的工具来探索染色质开放...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
在这里,我们将采用类似于 Diffbind 中的方法,并在 ATACseq 分析中合理建立。 1. 识别非冗余峰 首先,我们将定义至少 2 个样本中存在的一组非冗余峰,并使用这些峰使用 DESeq2 评估无核小体 ATACseq 信号的变化。在这里,我们使用与 ChIPseq 相同的方法来推导差异的一致峰。