1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 代码语言:text 复制 BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流...
1. ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶颈系数(PBC1 和 PBC2)。 首先我们必须安装库。 BiocManager::install("ATACseqQC") 与ChIPQC 一样,ATACseqQC 函数包含一个工作流函数,它将通过 BAM 文件路...
质量分析 Quality control by ATACseqQC 当我们拿到bam文件后,首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图,后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便的帮助人们查看片段分布以及NFR score, footprints等。但是要注意到,ATACseqQC是针对Paired-End测序开发的。 #...
TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 1. 插入片段长度分...
1. 质控 ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存,但会允许包含两个更有用的指标,称为 PCR 瓶...
因此会出现结合区域为空,而两侧区域reads深度高的情况。通过观察特定转录因子结合位点的reads分布,可以判断该转录因子是否正在结合,这个分析称之为footprint分析。代码如下 输出结果示意如下 ATACseqQC还提供了非常丰富的功能,详细用法请参考官方文档。
ATACseqQC: a Bioconductor package for post-alignment quality assessment of ATAC-seq data. BMC Genomics 19:169. doi: 10.1186/s12864-018-4559-4553Ou J, Liu H, Yu J, Kelliher MA, Castilla LH, Lawson ND, et al. ATACseqQC: a Bioconductor package for post-alignment quality assessment of ...
使用ATACseqQC进行质控 除了测序数据量和质量外,ATAC文库还有一些独有的QC指标,比如以下几个指标 插入片段长度分布图 TSS位点两侧reads分布图 TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接...
质量分析：通过ATAC-seqQC进行质量控制 当我们拿到bam文件后，首先需要考虑的问题是ATAC-seq质量如何。ATACseqQC原本是想重复GreenLeaf最初文献[2]中的图，后来发展成一个ATACseq质量控制软件包。它可以方便地帮助人们查看片段分布以及NFR score、footprints等。但要注意，ATACseqQC是针对Paired-End测序开发...
为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https:///packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 ...