开发了一种基于组合杂交的高通量、低成本、高信噪比的单细胞染色质可及性测序技术CH-ATAC-seq,构建了低等物种包括斑马鱼,果蝇,蚯蚓的全身染色质可及性景观,并阐述了跨物种基因和调控
开发了一种基于组合杂交的高通量、低成本、高信噪比的单细胞染色质可及性测序技术CH-ATAC-seq,构建了低等物种包括斑马鱼,果蝇,蚯蚓的全身染色质可及性景观,并阐述了跨物种基因
开发了一种基于组合杂交的高通量、低成本、高信噪比的单细胞染色质可及性测序技术CH-ATAC-seq,构建了低等物种包括斑马鱼,果蝇,蚯蚓的全身染色质可及性景观,并阐述了跨物种
许多分析ChIP-seq数据的Peak Calling软件可用于ATAC-seq数据,而ENCODE选择MACS2作为ATAC-seq的标准Peak Calling软件。 与ChIP-seq不同的是,由于Tn5酶切割的随机性和成本原因,ATAC-seq没有Input数据作为对照,所以需要Input数据的Peak Calling软件不能用于分析ATAC-seq数据...
Ch IP/ATAC-seq Analysis(Co BRA),a modularized computational workflow which quantifies Ch IP-seq and ATAC-seq peak regions and performs unsupervised and supervised analyses.Co BRA provides a comprehensive state-of-the-art Ch IP-seq and ATAC-seq analysis pipeline that can be used by scientists...
Methods in Molecular BiologyContiguity-preserving transposition sequencing (CPT-Seq)for genome-wide haplotyping,assembly,and single-cell ATAC-Seq. Christiansen L... L Christiansen,S Amini,Z Fan,... - 《Methods in Molecular Biology》 被引量: 1发表: 2017年 [Methods in Molecular Biology] Haplotyping...
样本质量直接影响数据质量,关于 ATAC-seq、Hi-C 如何制备样本,依托诺禾致源丰富的项目物种经验,给出以下几条建议。 ATAC-seq 1、冻存细胞样本 (1)取出培养的悬浮细胞,显微镜下观察细胞生长状态是否良好,是否有细菌污染,然后用 PBS 洗涤并离心弃上清,细胞沉淀...
作者开发了同时高通量ATAC和RNA表达测序的方法,命名SHARE-seq,这是一种高度可扩展的方法,用于测量同一单个细胞中的染色质可及性和基因表达,适用于不同组织。使用来自小鼠皮肤的34,774个细胞,开发了一种计算策略来识别顺式-调控相互作用,并定义与超级增...
ATAC-Seq数据的热图显示,Ru1处理组的表达模式与对照组有很大差异。在Ru1处理组和对照组中,总共分别鉴定出了6200万和4510万高可信度染色质区域。包括1637个差异的区域,其中与对照组相比,Ru1处理组的1352个上调的差异可达区域(DARs)和285个下调的DARs...
先前的研究表明,VC和MG cells存在不同的基因表达模式,也有着不同的DNA甲基化模式,但是并没有揭示VC和MG cells不同分化路径的关系。本篇文献利用CUT&Tag、ATAC-seq、RNA-seq等组学技术,并联合细胞学揭示VC和MG cells的关系,即在MG ...