由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学...
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。 ii. NFR的片段...
macs2 callpeak -f BAMPE -g<有效基因组大小>-t<干净的aliged.bam>-n<输出文件名>-q 0.01 --nolambda --nomodel -B --outdir<输出文件位置># ATAC-seq: 此处显示的代码用于无对照的ATAC数据,由于atac关注剪切位点,因此可将片段向5‘移动100bp,随后向3’延伸为200bp的片段(--shift -100 --extsize...
差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。 七、峰注释 在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到pe...
ATAC-seq数据可在 athttps://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG下载 4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=...
3.ATAC-seq分析 3.1 ATAC-seq分析主要包括3个部分 3.2 ATAC-seq具体分析流程 4.相关名词 4.1NFR(nucleosome-free regions,无核小体区域) 4.2 TSS(transcription start site, 转录起始位点) 5.ATAC-seq相关结果结果解读与其特点 5.1 TSS(transcription start site, 转录起始位点) 5.2 Fragment length(片段分布) 5.3...
ATAC-seq 实验流程 一般来说包括以下几个步骤: 细胞核制备 片段化及 DNA 提取 PCR 扩增 文库纯化 高通量测序 数据分析 ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性
ATAC-seq预分析 ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC...
1.3 生信分析 获得下机数据后,就可以开始做上下游的生信分析。因为我自己没跑过这个流程,所以这里以菲沙基因提供的流程为例,着重介绍ATAC-seq流程中产生的图如何解读,以及我们可以做哪些下游分析。 下机数据预处理 拿到下机数据后首先去接头(adapter trimming),然后比对到参考基因组(alignment),对比对后得到的bam文件...
1.3 Workflow of ChIP-seq ChIP的流程大致如下，简单分为 第一步： 使用甲醛和大批量 DNA 进行...