图3 新鲜细胞和慢速冻存细胞ATAC-Seq过程中代表性结果 此外,实时qPCR的结果表明:新鲜样品和低温保存样品在开放染色质位点的富集度较高,但快速冷冻样本的结果较差,富集倍数还不到10(图4b)。 图4实时qPCR评估ATAC-Seq文库的质量 与新鲜细胞的测序分析结果一样,低温保存的样品获得了7万多个重要峰,并且从新鲜和低温保...
RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA这篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq组学联合绘制1-甲基环丙烯（1-MCP）不同处理下的染色质可及性图谱，挖掘在1-MCP处理下影响果实成熟的关键转录因子以及靶标基因，
技术手段:亚细胞定位、RT-qPCR、WB、ATAC-seq、RNA-seq、Y2H、Co-IP、BiFC 该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C,通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件下染色质的可及性和下游基因的表达情况,从而揭示OsNMCP1和OsSWI3C调控...
生长素相关基因PIN和WAT表现出相似的表达谱,表达随成熟而下降,但1-MCP长期处理后表达增强。这些基因表达水平与RT-qPCR结果相似,进一步说明了这些表达数据的可靠性。 图5 筛选的DEGs在1-MCP不同处理下的表达验证。RT-qPCR的结果绘制成直方图,使用RNA-seq数据中的FPKM值绘制相应的折线图。 此外,整合ATAC-seq和RNA-s...
ChIP qPCR确定转录因子结合启动子精细位点。 RNA Seq分析转录调控情况。 高端生物信息分析与数据挖掘。 高维数据可视化制作Fig。 注:本部分内容全部高端定制,请通过微信询价。 模块5: 启动子及TAD元件启动子/增强子集群功能分析实验: 本司提供: 荧光素酶功能分析实验 ...
(1)ChIP-qPCR (染色质免疫共沉淀定量PCR): 原理:通过特异性抗体捕获与DNA结合的蛋白质,然后通过qPCR定量特定区域的富集程度。 应用:验证ChIP-seq数据中的特定结合位点,或者在没有进行全基因组测序的情况下,检测特定区域的蛋白质-DNA相互作用。 (2)Co-IP (共免疫沉淀): ...
第五步:通过 qPCR、ChIP 测序过程进行分析。具体流程如下图所示:(PMID: 19736561) (PMID: 19736561) 2. ATAC-seq 2.1 什么是ATAC-seq ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 是分子生物学中用于评估全基因组染色质可及性的技术。 2.2 如何理解ATAC-seq 这里就不得不提及染色质...
此外,我们以已知的开放染色质位点作为阳性对照,以 tn5不敏感位点作为阴性对照,通过实时 qPCR 分析测定DNA 可接近区域的富集情况,高质量ATAC-Seq样本阳性对照位点的富集程度至少要高出10倍。 结论 1 新鲜和快速冷冻运动神经元(iMNs)的ATAC-Seq 首先在新鲜和快速冷冻的iMNs上进行了ATAC-Seq。图2显示了两个样本代表...
所得文库随后通过qPCR或NGS进行分析。 其它ATAC-Seq注意事项 使用正确的细胞数量用于转座是很重要的。一般建议使用25,000-75,000个细胞。使用太少或太多的细胞会导致消化过度或消化不足,这会降低文库的质量。此外,细胞的固定和剧烈的机械剪切趋于降低数据质量。 最近的ATAC-Seq应用和突破 通过短短的两步过程,ATAC-...
此外,我们以已知的开放染色质位点作为阳性对照,以 tn5不敏感位点作为阴性对照,通过实时 qPCR 分析测定DNA 可接近区域的富集情况,高质量ATAC-Seq样本阳性对照位点的富集程度至少要高出10倍。 结论 1 新鲜和快速冷冻运动神经元(iMNs)的ATAC-Seq 首先在新鲜和快速冷冻的iMNs上进行了ATAC-Seq。图2显示了两个样本代表...