本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
1、最开始的单独分析就是为了进行注释,利用RNA数据注释ATAC,这样就得到组学的注释结果。2、一开始就进行RNA和ATAC的联合分析是不可取的,因为一方面增加了注释的难度,而且在含有多种细胞类型的混合样本中联合分析,也没有多大的意义。3、不同的细胞类型的ATAC数据本身就是有差异的,这种差异不是疾病或者异常情况带来的,...
该研究采用单细胞RNA测序和ATAC测序技术,对42个和39个人类癌症细胞系进行了细致分析,揭示了显著的转录组和表观遗传异质性。通过单细胞RNA测序,在单细胞层面揭示了不同细胞系中的转录活动差异,发现这些差异主要由多个共同的转录程序驱动。ATAC测序进一步揭示了细胞内基因可访问性和表观遗传调控机制。此外,研究还探讨了拷...
单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序是两种常用的方法,它们分别可以揭示细胞的基因表达和染色质可及性。然而,这两种技术各自存在一些限制。为了克服这些限制并获得更全面的细胞信息,研究人员开发了一种新的技术,称为单细胞RNA-ATAC测序技术。 单细胞RNA-ATAC测序技术结合了单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的优势,可以同时获得...
作者,Evil Genius 今天我们来实现流程化的单细胞多组学的多样本联合分析。 ATAC分为了三部分,ATAC单独整合分析、ATAC联合RNA分析,多组学(ATAC + ...
图2:来自胎儿大脑的细胞类型注释的疾病富集。图3:来源于成人大脑的细胞类型注释的疾病富集。图4:胎儿大脑scRNA-seq和成人大脑scRNA-seq细胞类型注释之间的比较。参考文献：Kim SS, Truong B, Jagadeesh K, Dey KK, Shen AZ, Raychaudhuri S, Kellis M, Price AL. Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq...
基于常规转录组(bulk rna)的数据进行染色质可及性(ATAC)的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样,拿到原始fastq数据的第一步时进行质控处理,这里可以选择的软件是trim_galore或者trimmomatic。首先需要去相关软件的官网或者是其他教程介绍中下载相应的软件。对于trim_galore,参考代码如下: nohup trim_ga...
作者开发了同时高通量ATAC和RNA表达测序的方法,命名SHARE-seq,这是一种高度可扩展的方法,用于测量同一单个细胞中的染色质可及性和基因表达,适用于不同组织。使用来自小鼠皮肤的34,774个细胞,开发了一种计算策略来识别顺式-调控相互作用,并定义与超级增...
RNA聚类分析中,发现小麦再生过程中存在着时序基因表达,并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关;H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关;基于转录与染色质开放性的高度相关,研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从...
传统的批量RNA-seq产生组织的混合表达数据,与此相比,scRNA-seq可以提供单细胞的转录谱具有如此高分辨率的技术可以区分不同的细胞类型,并促进对复杂神经系统的研究在小鼠中进行的单细胞研究揭示了胚胎发育过程中GE中间神经元的分子和转录特征...