DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFea
在发表于nature的文章Spatial multi-omic map of human myocardial infarction中,关于单细胞RNA和ATAC的分析是这样的。 组学数据一开始分开整合分析,snRNA的注释结果来辅助注释ATAC数据。 但是在细分某个细胞类型的时候,却是RNA 与ATAC数据直接联合分析(展示在一张UMAP图上), 心肌细胞分亚群 心肌细胞调控 UMAP of sub...
KEGG分析显示,Ru2主要改变丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、病灶黏附和cAMP信号通路。此外,GSEA结果表明,Ru2处理引起的基因表达变化与RNA聚合酶II转录因子活性、序列特异性DNA结合呈负相关,和转录调控区域。结果表明,Ru1和Ru2处理改变的细胞生物学过...
接下来,作者探究了是否可以将本研究的肾脏RNA-seq数据中检测到的表达差异与GTEx项目提供的85个皮质和4个髓质样本的表达差异相关联。令人惊讶的是,对GTEx皮质和髓质样本进行DEG分析,只得到了非常少的76个DEGs(图3a),没有任何显著富集的GO项。为了调查这种明显的差异,作者首先基于GTEx数据进行了PCA分析。样品沿着主成分...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
伯豪生物单细胞多组学ATAC+RNA联合检测服务,是基于10X Genomics平台,对数千个细胞中的每一细胞内的RNA和染色质可及性同时检测的新技术。通过这项技术能够测定调控区域对基因表达的影响,从而在目标细胞内实现信息的关联;根据两种分子信息可以更深入地表征复杂的细胞群,捕获细胞异质性,发现驱动细胞分化、发育以及疾...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
⚫ 技术:ATAC-seq+RNA-seq 实验思路 实验结果 α细胞和β细胞的ATAC基础分析结果 Venn图交集展示,存在多个ATAC对应1个基因的情况,与已知基因的调控通常受到多个功能区域的调控一致。 整合ATAC-seq结果与其他的表观遗传标记,GC基因作为α细胞的特征近,ATAC-seq峰既存在于内含子内,也在GC启动子上游28kb处。表明该...