DAP-seq技术适用于植物样本,特别是转录因子与DNA互作的研究,因其独特的无细胞蛋白表达系统,能够大量表达可溶性的全长蛋白。📊 总结: ChIP-seq:需要ChIP-seq级别抗体,对样本量要求高,适用于组蛋白修饰和转录因子。 CUT-Tag:需要ChIP-seq级别抗体,对样本量要求低,更适用于组蛋白修饰。 DAP-seq:无需抗体,采用无细...
4. 上调的HOXD1调控下游靶基因 为了更好地探究HOXD1作为LUAD转录因子可能调控的下游靶基因,作者在HOXD1过表达A549细胞中进行ChIP-seq。ChIP靶基因GO注释分析表明,HOXD1的靶序列在生物过程中富集最多(图6A-B)。靶基因KEGG富集通路见图6C。根据ChIP-seq分析结果,筛选了24个与细胞过程相关的靶基因。然后,使用RT-qPC...
ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录...
ChIP-seq已经成为研究转录因子功能和调控网络的金标准。 以下是ChIP-seq实验的主要步骤: 1.染色质免疫沉淀:通过使用特定抗体识别并结合目标转录因子,将其与染色质DNA一起沉淀下来。 2.逆转录:将沉淀的DNA进行逆转录,生成cDNA文库。 3.高通量测序:将cDNA文库进行高通量测序,获得测序数据。 4.数据分析:通过生物信息...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的...
ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。
传统方法是采用 ChIP-Seq 实验的方法，但是该方法一次只能在一个细胞样本里面检测一个转录因子。要想在大规模样本中分析 1000 多种转录因子，该方法存在多种局限性，譬如成本太高、不是所有的转录因子都有适用于 ChIP-Seq 实验的抗体。经过各种探索，赵永兵打算采用基于计算的方法，利用 ATAC-Seq/DNase-Seq 和 RNA...
本文将探讨转录因子ChIP-seq数据分析方法的进展,分析其重要性、挑战以及未来的发展方向。 1.1 ChIP-seq技术的核心原理 ChIP-seq技术的核心原理是利用染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)技术结合高通量测序技术(Sequencing)。通过这种方法,研究人员可以识别转录因子在基因组中的结合位点,进而分析其对基因表达...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的来说,本研究结果强调了NRF1调控广泛转录网络以支持体外和体内迁移后PGC发育。
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的来说,本研究结果强调了NRF1调控广泛转录网络以支持体外和体内迁移后PGC发育。