ChIP-seq已经成为研究转录因子功能和调控网络的金标准。 以下是ChIP-seq实验的主要步骤: 1.染色质免疫沉淀:通过使用特定抗体识别并结合目标转录因子,将其与染色质DNA一起沉淀下来。 2.逆转录:将沉淀的DNA进行逆转录,生成cDNA文库。 3.高通量测序:将cDNA文库进行高通量测序,获得测序数据。 4.数据分析:通过生物信息...
其利用ChIP(chromatin immunoprecipitation)-seq、TBS(Targeted Bisulfite Sequencing)、WB、RT-PCR等一系列实验探究HOXD1转录因子在小细胞肺癌的作用及其调控机制。
ChIP-seq+转录组关联分析 ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定...
PhoB结合位点相对于ChIP-seq peaks中心区域位点分析。 ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个C...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的来说,本研究结果强调了NRF1调控广泛转录网络以支持体外和体内迁移后PGC发育。
ChIP-seq技术的核心原理是利用染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)技术结合高通量测序技术(Sequencing)。通过这种方法,研究人员可以识别转录因子在基因组中的结合位点,进而分析其对基因表达的调控作用。ChIP-seq技术的关键步骤包括:样品准备、染色质免疫沉淀、DNA片段的纯化和测序。 1.2 ChIP-seq技术的应用场...
1、CHIP-seq筛选转录因子的DNA序列靶点; 2、转录组测序筛选转录因子的下游基因; 3、数据库预测转录因子的结合位点; 4、转录激活实验(Luc体系)验证转录因子对下游基因的调控。 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP) 染色质免疫共沉淀技术是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具。该技术不仅可以检测...
Motif经常出现在表观组学文章中,在ChIP-seq数据分析中占有一席之地,尤其是转录因子。Motif中文翻译为“基序”,本质是一个基于数据的数学统计模型,用来描述一类特征序列集合 (如分析转录因子的潜在结合位点) 的碱基频率特点。所以,通过Motif可以明确两点信息:Motif指代一群序列,一般认为这些序列拥有生物学功能的保...
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长; 分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。 可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。 不同的测序平台...