4. 上调的HOXD1调控下游靶基因 为了更好地探究HOXD1作为LUAD转录因子可能调控的下游靶基因,作者在HOXD1过表达A549细胞中进行ChIP-seq。ChIP靶基因GO注释分析表明,HOXD1的靶序列在生物过程中富集最多(图6A-B)。靶基因KEGG富集通路见图6C。根据ChIP-seq分析结果,筛选了24个与细胞过程相关的靶基因。然后,使用RT-qPC...
目前而言,以人类和小鼠为例,包含了超过2000种转录因子的20000多例ChIP-seq实验数据。 (3)先前的数据库仅针对转录因子收集的ChIP-seq实验,新版本还包含有关转录共激活因子结合区的数据,以及通过DNase-seq鉴定到的开放染色质区域和TFBSs(DNase 印迹)。 (4)利用HOCOMOCO数据库的位置权重矩阵(position weight matrices)...
该视频主要介绍了人类中转录因子结合位点分布统计情况,以及如何判断转录因子与基因互作,主要看转录因子结合位点离该基因转录起始位点比较近,分析该基因表达以及通过chip seq 测序来判断。, 视频播放量 1640、弹幕量 0、点赞数 30、投硬币枚数 12、收藏人数 98、转发人数
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分...
对于转录因子结合位点的序列信息,可以查询JASPAR。 对于转录因子的预测,结合JASPAR, UCSC以及今天介绍的Cistrome DB就能给文章开一个比较好的头了,如果经费充足,当然是直接做ChIP-Seq最好啦。 希望今天的文章对你的搬砖生涯有所帮助。 欢迎关注干了这杯药吧。
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分...