转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
我们都知道,DNA分子在细胞核内,而转录的mRNA穿出核孔,在细胞质内翻译成蛋白。有的蛋白结构氨基酸序列含有核定位信号,那么这个蛋白就可以通过核孔进入细胞质,比如组蛋白;有的蛋白结构氨基酸序列不含核定位信号,这个蛋白可能就定位在细胞质,比如各种转录因子;有的蛋白可能就定位到细胞质的亚结构——细胞器,如高尔基、内...
RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录因子,为结直肠癌...
来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD(Gene Transcription Regulation Database),为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源,并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。 GTRD数据库内容及其衍生的信息资源 GTRD:基因转录调节数据库 ChIP-seq是一种广泛用于...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分...
对于转录因子结合位点的序列信息,可以查询JASPAR。 对于转录因子的预测,结合JASPAR, UCSC以及今天介绍的Cistrome DB就能给文章开一个比较好的头了,如果经费充足,当然是直接做ChIP-Seq最好啦。 希望今天的文章对你的搬砖生涯有所帮助。 欢迎关注干了这杯药吧。
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录因子,为结直肠癌的研究提供了重要的表观基因组数据和新的关键调控因子...