转录因子ChIP-seq数据分析的关键技术是将测序数据转化为生物学意义的信息,这需要多步骤的数据处理和分析。以下是一些关键技术: 2.1 数据质量控制 数据质量控制是ChIP-seq数据分析的第一步,目的是确保测序数据的准确性和可靠性。常见的数据质量控制技术包括: - 测序错误校正:通过比对原始测序数据与参考基因组,校正测序过...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录...
最后,通过比对和数据分析,可以得到转录因子结合位点的信息。 CHIPSEQ技术在转录因子结合位点分析中具有广泛的应用。首先,该技术可以帮助研究人员鉴定出转录因子结合位点的全基因组分布。通过对整个基因组进行高通量测序,可以得到转录因子结合位点的全局图谱,从而全面了解转录因子在调控基因表达中的作用。 其次,CHIPSEQ技术...
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。
对于转录因子的chip_seq数据,我们通常会分析在TSS位点两侧的富集情况。这部分内容将转录因子peak的中心区域当做TSS, 看组蛋白修饰的数据在转录因子peak中心区域的富集情况,结果示意如下 不同颜色代表不同的组蛋白修饰 3. Motif Enrichment 对于每批数据,选取top500的peak, 提取peak中心上下游各50bp的序列,采用meme进行...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 ...
HOCOMOCO是专为研究人类和小鼠设计的数据库，基于对超过5000个针对两者转录因子的实验收集的14000多个ChIP-Seq数据集，通过系统化的基序发现和交叉验证，揭示了人类和小鼠转录因子的结合模型。HOCOMOCO目前汇集了680个人类和453个鼠的结合模型，包含了1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这大规模的...