师兄说傻子才做ChIP-seq 最近想做转录因子和组蛋白修饰,最经典的方法是ChIP-seq,但最近几年发现大家用CUT&RUN和CUT&Tag很多。对比了一下发现,新的方法不仅成本更低,而且还更快更简单呢。于是果断尝试了新方法...
对于转录因子结合位点的序列信息,可以查询JASPAR。 对于转录因子的预测,结合JASPAR, UCSC以及今天介绍的Cistrome DB就能给文章开一个比较好的头了,如果经费充足,当然是直接做ChIP-Seq最好啦。 希望今天的文章对你的搬砖生涯有所帮助。 欢迎关注干了这杯药吧。 未经许可,禁止转载。
转录因子的chip-seq不一定需要qpcr验证，但如果对转录因子进行敲除或knockdown，又不愿意做chip-seq，可对靶基因进行chip-qpcr。做western如果是转录因子，作用位置应该在核内，但有一些TF是细胞质易位到细胞核，所以看你关心的是总量还是什么，是否存在特殊修饰等等，根据需求选择。
ATAC-seq/ChIP-seq | ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个...