师兄说傻子才做ChIP-seq 最近想做转录因子和组蛋白修饰,最经典的方法是ChIP-seq,但最近几年发现大家用CUT&RUN和CUT&Tag很多。对比了一下发现,新的方法不仅成本更低,而且还更快更简单呢。于是果断尝试了新方法...
使用方法:在搜索栏填入感兴趣的转录因子名称,这里以MYC为例。填完后点击搜索,然后依次选择物种,细胞和MYC,如下图2和图3所示。 图2 图3 注意:对于特定的转录因子,不是所有的癌症种类都能找到,当没有自己研究的癌症种类和细胞时,可以参考一下其他癌症中的信息。 之后下方出现已上传的ChIPseq数据,可以任意选择,这里...
转录因子的chip-seq不一定需要qpcr验证，但如果对转录因子进行敲除或knockdown，又不愿意做chip-seq，可对靶基因进行chip-qpcr。做western如果是转录因子，作用位置应该在核内，但有一些TF是细胞质易位到细胞核，所以看你关心的是总量还是什么，是否存在特殊修饰等等，根据需求选择。
ATAC-seq/ChIP-seq | ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个...