本研究绘制了转录因子PhoB在大肠杆菌基因组中的结合,揭示了大多数PhoB结合位点都位于基因内。分析结果表明,基因内PhoB结合位点与重叠基因调控无关。数据揭示了细菌可以耐受大量非调控性基因内转录因子结合位点的存在,且这些结合位点不受选择性压力影响。 研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对pho...
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
易基因|3文一览:ChIP-seq技术在植物转录因子结合位点中的研究(茄子+玉米+水稻) 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 植物的生长发育不仅受自身基因遗传因素的调控,还受到环境胁迫、内源激素变化等影响,其中转录因子在植物的生物钟调控、激素信号转导、生长和代谢等过程中发挥重要作用。染...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况，以剖析表观遗传特征和生物学功能；2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点，解析该转录因子作用的通路信息；3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱，核小体定位在转录调控，DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用；4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况，DNA甲基化...
CHIPSEQ技术在转录因子结合位点分析中具有广泛的应用。首先,该技术可以帮助研究人员鉴定出转录因子结合位点的全基因组分布。通过对整个基因组进行高通量测序,可以得到转录因子结合位点的全局图谱,从而全面了解转录因子在调控基因表达中的作用。 其次,CHIPSEQ技术可以揭示转录因子结合位点与基因调控之间的关系。通过对转录因子...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; ...
5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子（TFs）的结合位点和基因表达。对植物、动物和真菌模型的研究表明，沿着基因的核小体定位模式相似，以及占用和表达之间具有相关性。然而，植物核小体定位、顺式调控元件可及性与基因表达之间的关系尚不明确。在“Determinants of nucleosome positioning and their...
在本篇文章中,我们将探索CHIP SEQ技术在转录因子结合位点分析的应用。 CHIPSEQ技术的基本原理是将细胞或组织中的染色质进行交联固定,并利用特异性抗体对目标蛋白进行免疫沉淀。然后,通过DNA片段的解链、末端修复和连接测序适配体等处理后,进行高通量测序。最后,通过比对整个基因组的测序结果,可以确定转录因子结合位点的...