其利用ChIP(chromatin immunoprecipitation)-seq、TBS(Targeted Bisulfite Sequencing)、WB、RT-PCR等一系列实验探究HOXD1转录因子在小细胞肺癌的作用及其调控机制。
ChIP-seq已经成为研究转录因子功能和调控网络的金标准。 以下是ChIP-seq实验的主要步骤: 1.染色质免疫沉淀:通过使用特定抗体识别并结合目标转录因子,将其与染色质DNA一起沉淀下来。 2.逆转录:将沉淀的DNA进行逆转录,生成cDNA文库。 3.高通量测序:将cDNA文库进行高通量测序,获得测序数据。 4.数据分析:通过生物信息...
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
ChIP-seq+转录组关联分析 ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input...
转录因子和辅因子结合作用 复制因子和 DNA 修复蛋白 组蛋白修饰和变异组蛋白 技术优势: 物种范围广:花、叶片、胚乳等多种组织富集经验; 微量建库:只需5ng以上免疫沉淀后的DNA,即可展开测序分析; 方案灵活:根据不同的项目需求,选择不同的组蛋白修饰特异性抗体。
DNA结合蛋白可以是转录因子（TFs）或其他染色质相关蛋白，如组蛋白。最开始，ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列（称为ChIP-chip）进行杂交，以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而，随着DNA测序技术的快速发展，与DNA测序技术相关的研究日益深入 ，发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的...