每个数据点对应一个基因,三角形数据点代表先前报道的pho调控元件中的基因,红色三角形表示该转录本ChIP-seq鉴定的上游PhoB位点,灰色三角形表示没有上游位点。红色圆圈表示以前没有报道过的基因位于pho调控元件中,但在ChIP-seq中鉴定出上游PhoB位点。蓝色圆圈表示ChIP-seq鉴定出的内部PhoB位点基因。灰色圆圈表示所有其他基因
为了进一步确认RSp0980是RSp0334介导的信号系统的一个关键下游调节因子,并阐明其潜在的调节机制,作者采用ChIP-seq来鉴定RSp0980直接调控的靶基因。在潜在的靶基因中,phcB、solI、trpEG和epsA与R. solanacearum的生物功能和致病性相关。ChIP-seq数据显示RSp0980结合了多个基因启动子,这些启动子含有潜在的RSp0980结合位点...
具有多种商品化 ChIP级抗体,高效支持实验开展。 应用方向 组蛋白修饰 转录因子靶点检测 超级增强子鉴定 诺禾优势 1. 实验稳定 诺禾ChIP-seq可稳定获得全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,分析组蛋白修饰及表观遗传修饰的信息。 2. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、斑马鱼、酵母、水...
ChIP-seq已经成为研究转录因子功能和调控网络的金标准。 以下是ChIP-seq实验的主要步骤: 1.染色质免疫沉淀:通过使用特定抗体识别并结合目标转录因子,将其与染色质DNA一起沉淀下来。 2.逆转录:将沉淀的DNA进行逆转录,生成cDNA文库。 3.高通量测序:将cDNA文库进行高通量测序,获得测序数据。 4.数据分析:通过生物信息...
图:全基因组RNA-Seq+ChIP-Seq结合谱对DEG进行GO分类 03 ChIP-seq揭示具有RNA结合活性的水稻转录因子可调控细胞死亡和抗病性 2022年5月7日,中国农业科学院植物保护研究所宁约瑟团队在《Nucleic Acids Research》杂志在线发表了题为"APIP5 functions as a transcription factor and an RNA-binding protein to modulate...
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长; 分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。 可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。 不同的测序平台...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq、Western blot、qRT-PCR等 研究摘要: NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的来说,本研究结果强调了NRF1调控广泛转录网络以支持体外和体内迁移后PGC发育。
1、ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq ChIP-seq、CUT-Tag、DAP-seq都是利用高通量测序技术去获得转录因子与DNA互作的信息。 (1)ChIP-seq ChIP-seq其实就是染色质免疫共沉淀,结合二代测序的过程。最初被用于组蛋白修饰的研究,后被广泛应用于转录因子与启动子结合的研究。染色质免疫沉淀(Chromatin immunoprecipitation,ChIP...