In this study, we obtained TSS of Sz using an oligo-capping method and RNA-seq analysis. We identified 1,043,503 TSS in the Sz transcriptome. These defined 38,973 TSS clusters, of which, 11,925 were expressed in Sz and 1535 TSS differentially expressed in Sz. Based on these data, we...
myindex <- (match(seqnames(tssLocations), mainChromosomes)) tssLocations <- tssLocations[as.numeric(myindex)] seqlevels(tssLocations) <- mainChromosomes soGGi 包的 regionPlot() 函数需要一个 BAM 数据文件来绘制提供给 bamFile 参数和一个 GRanges 来绘制提供给 testRanges 参数。 代码语言:text AI代...
#--outFileSortedRegions ./test.TSS.bed 输出的文件名 3.热图中的每一行就是一个peak,因此这个热图一般很长,颜色不同代表富集的reads多少不同。黑线是指有些read没有比对上,那该如何将黑线去除呢? 可参考该链接:plotHeatmap — deepTools 2.2.4 documentation 形成矩阵文件時,使用--missingDataAsZero即可 comput...
小果最近沉迷ATAC-seq中无法自拔,这就带大家来学习绘制ATAC-seq中的TSS富集热图。 首先,我们需要用到的软件是deeptools。这里小果给大家简单介绍一下deeptools:deeptools 是一套基于 python 开发的工具,适用于有效处理分析高通量测序数据,可用于 ChIP-seq, ATAC-seq 或 MNase-seq。deeptools 包含了多个有用的模块,可以...
在ATAC_seq数据分析中,需要绘制reads在TSS位点附近的分布图, 如下所示 左侧为NFR reads在TSS位点两侧的分布图,右侧为单个核小体边界reads在TSS位点两侧的分布图,可以看到,NFR reads在TSS位点两侧有明显的富集趋势。 在上述热图中,每一行代表一个转录本/基因,对于TSS附近区域,换个为等长的bin,比如上图中选取了TSS...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)可通过转录谱分析发育、再生、衰老、以及疾病发生过程中的细胞和分子机制。然而,目前大多数的定量方法局限在基因水平,无法区分具有不同结构和功能的转录异构体的差异表达。转录异构体间的结构差异的产生方式包括可...
在chip_seq数据分析中,peak calling是核心,得到peak区间之后,我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的...reads的分布图,示意如下折线图反映的是所有转录本上peak区域reads的分布情况,为了将所有转录本用一个值来表示,通常会取均值。对应的还有一种热图的展示方式,每一行代表一个转录本,示意如下...
TSS‐seqArabidopsis thalianaInformation about transcription start sites (TSSs) provides foundational data for analyses of promoter architecture. In this report, we used paired‐ and single‐end deep sequencing to analyze Arabidopsis TSS tags from several libraries prepared from roots, shoots, flowers, ...
除了chip-seq实验，还有其他方法来鉴定TSS上游基因序列的功能是增强子而不是启动子吗？
启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时,一般选择上游1 kb,下游 500 nt,也有选上下游各1 kb的。如果关注核心启动子,可见生信宝典之前发布的Jaspar数据库介绍。获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。之前awk的教程中有些提及。