Trim Galore是一款功能强大的测序数据预处理工具,特别是在去除接头和修剪低质量碱基方面表现出色。它集成了Cutadapt和FastQC的功能,既省时又高效。而通过Galaxy平台http://usegalaxy.cn使用Trim Galore,则进一步降低了技术门槛,让不熟悉命令行的用户也能轻松进行数据清理。 无论你是刚接触生物信息学的本科生,还是需要处...
vim trim_galore_batch.sh 输入下面内容: 代码语言:javascript 复制 #!/bin/bash# This isfortrimming a batch dataforiinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9dotrim_galore-q25--phred33--length36--stringency3--paired/data/RNAseq/${i}_1.fq.gz/data/RNAseq/${i}_2.fq.gz--gzip-o/data/RNAseq/...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低...
使用Trim Galore进行自适应质量和接头修剪 我们尝试实现一种方法,在一个便利的过程中消除RRBS文库(或其他类型的测序数据集)的潜在问题。为此,我们开发了一个包装脚本(trim_galore),它利用了公开可用的接头修剪工具Cutadapt和可选的质量控制工具FastQC,在修剪过程完成后进行质量控制。
2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列) ...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。3 主要功能包括两步：第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，程序会自动检测前1million的序列）第二步 对比前12-...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...