附注,处理信息 Multicore support not enabled.Proceedingwithsingle-core trimming.[未启用多核支持]Path to Cutadaptsetas:'cutadapt'(default)Cutadapt seems to be workingfine(tested command'cutadapt --version')Cutadapt version:1.18Cutadapt版本:1.18single-core operation.Output will be written into the directo...
批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程,结果发现样本的比对率参差不齐,有的能达到80-90%,有的却低于50%,回过头来找原因发现cleandata中的adpter并没有去除,也就是说我用的adapter并不是建库所用的,那么怎么知道这批数据建库时用的什么adapter呢? 求助了健明师兄,他推荐我使用Trim galore做质控,并且一眼看出我这个...
主要功能包括两步：首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter，程序会自动检测前1million的序列，然后对比前12-13bp的序列是否符 合以下类型的adapter 一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件...
nohup trim_galore-q25--phred33--length35--stringency3--paired-o./$fq1 $fq2& 批量运行脚本 代码语言:javascript 复制 cd03.trim ls/home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_1.fastq.gz > 1 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_2.fastq.gz > 2 paste 1 2 > config cat...
批量运行脚本 cd03.trim ls /home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_1.fastq.gz > 1 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_2.fastq.gz > 2 paste 1 2 > config cat > 03.trim.sh config=$1 number1=$2 number2=$3 ...
(3) 批量处理 #以双端为例:trim_galore.sh for i in `ls 00_rawdata/*_1.fastq.gz` do i=`basename $i` i=${i%_1.fastq.gz} echo $i >>log/trim_galore_log.txt trim_galore -j 4 -q 20 -e 0.1 --paired --stringency 4 --length 40 --max_n 4 -o ./02_cleandata 00_rawdata...
批量运行脚本 cd03.trim ls /home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_1.fastq.gz > 1 ls /home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_2.fastq.gz > 2 paste 1 2 > config cat > 03.trim.sh config=$1 number1=$2 number2=$3 ...