(3) 批量处理 #以双端为例:trim_galore.sh for i in `ls 00_rawdata/*_1.fastq.gz` do i=`basename $i` i=${i%_1.fastq.gz} echo $i >>log/trim_galore_log.txt trim_galore -j 4 -q 20 -e 0.1 --paired --stringency 4 --length 40 --max_n 4 -o ./02_cleandata 00_rawdata...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 代码语言:javascript 代码运行次数:0 代码运行 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/cat config|whileread iddoarr=${id}fq1=${arr[0]}fq2=${arr[1]}nohup trim_galore-q25--phred33--length36-e0.1--stringency3--paired-o $dir $fq1 $fq2&done config是需要...
使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤 trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 --paired fq --gzip -o ../clean 重新用fastqc检测进行过滤后的reads质量 fastqc -o out_dir *fq.gz multiqc *fastqc.zip --ignore *.html 附注,处理信息 Multicore support not enabled.Proce...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。--phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具...
求助了健明师兄,他推荐我使用Trim galore做质控,并且一眼看出我这个测序策略是nextseq(不知道他怎么看出来的)。 查了一下Trim galore,是可以自动检测adapter,也发现了自己的错误,trimmomatic只是针对Illumina高通量测序平台设计的接头去除和低质量reads清洗软件,Nextera的接头和它是不一样的(基础知识很重要!!!)。
Trim Galore是一款开源的、基于命令行的工具,主要用于对测序数据(主要是FastQ格式的文件)进行自动化的接头去除和低质量碱基过滤。它结合了Cutada... 15210 Trim Galore:一站式测序数据清理工具trim工具命令行配置数据 简说基因 2024-12-23 在生物信息学分析中,测序数据的质量是决定分析结果可靠性的重要因素。测序数...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore 代码语言:javascript 复制 source activate wes conda install-c bioconda trim-galore trim_galore--help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 ...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具...