报错日志.png 因为我不是很理解报错的原因,所以我重新下载了fq文件,跑了第二次,但结果还是报错。猜测可能是fq文件的问题。接着我从ENA上下载了sra文件,用fastq-dump转fq文件。得到fq文件后再跑trim_galore,代码如下: #sra文件转换fqnohup parallel-fastq-dump--sra-idSRR19781820--threads1--outdir./--split-...
c. 运行hisat2:将修剪后的序列作为输入,hisat2将会输出比对结果文件(SAM格式)。 使用samtools进行SAM文件处理samtools是一款用于处理SAM文件的工具,SAM文件是基因组学中常用的格式之一。以下是使用samtools进行处理的步骤:a. 安装samtools:使用包管理器(如apt或brew)安装samtools。b. 将SAM文件转换为BAM文件:使用samtoo...
fastqc -o QC/ /gpfs/home/ID/trimmed_files/* 上面需要注意的参数可能就是--paired和--q 30这两个参数,因为我的文件是双端测序的结果,所以要注明是--paired,并且要跟着两个fastq文件。还有就是你要过滤的read质量,这里有个表: 一般过滤的标准是q 30 或者是q 20,一般不用40,50,60,如果标准设置过高,你...
trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...
config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单,总结下处理时遇到的问题 1 关于一次可以并行处理多少的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个,同时处理,是可行的。但最佳是不要超过240个样本,这好像是我的服务器能处理的最大量。
质量修剪是第一步，从read序列的3'端修剪掉低质量碱基，以去除序列中的问题部分。接着，Trim Galore使用Cutadapt去除接头序列，通过自动检测或手动指定接头序列实现这一过程。自动检测在前100万个序列中寻找标准接头序列，并打印结果供参考。Trim Galore提供选项允许用户覆盖自动检测行为。修剪过程的严格程度...
结果，过程参考博文 https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323 1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 我们比较关心的数据信息 使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ，需要提前装好 2，这两步处理完后...
--paired:对于双端测序结果,一对reads中,如果有一个被剔除,那么另一个会被同样抛弃,而不管是否达到标准。--retain_unpaired:对于双端测序结果,一对reads中,如果一个read达到标准,但是对应的另一个要被抛弃,达到标准的read会被单独保存为一个文件。--gzip和--dont_gzip:清洗后的数据zip打包或者不打包。--...
--retain_unpaired:对于双端测序结果,一对reads中,如果一个read达到标准,但是对应的另一个要被抛弃,达到标准的read会被单独保存为一个文件。 --gzip和--dont_gzip:清洗后的数据zip打包或者不打包。 --output_dir:输入目录。需要提前建立目录,否则运行会报错。
到标准。--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但 是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。--gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。--output_dir：输入目录。需要提前建立目录，否则运行会 报错。--trim-n : 移除read一端的reads ...