trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...
-paired # 用于分析双端测序数据结果;-o # 输出目录 因为是双端测序,16个样本每个都有_1和_2两个文件,可以写个脚本批量运行: 12345678 COPY #!/bin/bashfor i in `seq 194 209` do trim_galore -q 25 -phred33 -length 50 -stringency 3 -paired \ -o /media/sf_/example/data/clean_data \ ...
/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1...去除adapter序列过滤掉低质量的碱基之后,trim_galore会调用cutadapt在reads的3’端查找adapter 序列并去除。...除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。...xzvf 0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。
TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用. 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大哥,我就想去去接头.trim一下质量而已,你就不能自动搞了吗.不要给选择困难症的我这么多选择啊. 想自动化?trim_galore 完美的符合了你的需求,无需自己去查...