trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...
-paired # 用于分析双端测序数据结果;-o # 输出目录 因为是双端测序,16个样本每个都有_1和_2两个文件,可以写个脚本批量运行: 12345678 COPY #!/bin/bashfor i in `seq 194 209` do trim_galore -q 25 -phred33 -length 50 -stringency 3 -paired \ -o /media/sf_/example/data/clean_data \ ...
5 trim_galore去接头 SRR85182.gz | while read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的...
5 trim_galore去接头 SRR85182.gz | while read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的...