--trim-n:移除read一端的reads 三、软件运行命令 代码语言:javascript 复制 ##双端数据要指定--paired nohup trim_galore-q25--phred33--length35--stringency3--paired-o./$fq1 $fq2& 批量运行脚本 代码语言:javascript 复制 cd03.trim ls/home/data/lihe/lncRNA_project/01.raw_data/*_1.fastq.gz >...
查了一下Trim galore,是可以自动检测adapter,也发现了自己的错误,trimmomatic只是针对Illumina高通量测序平台设计的接头去除和低质量reads清洗软件,Nextera的接头和它是不一样的(基础知识很重要!!!)。 下面就对Trim galore的下载,安装和使用做一个简要介绍,并总结了另外两个质控软件Trimmomatic 和cutadapter 的使用。 r...
我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用...
我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用...
mv TrimGalore-0.4.5/trim_galore /usr/bin 大概是说安装这个软件上之前需要安装Fastqc和cutadapt两个软件,Fastqc 使用conda 就可以安装。 3. cutadapt下载源代码:https://github.com/marcelm/cutadapt 安装: git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/ ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台...
mybatis之<trim prefix="" suffix="" suffixOverrides="" prefixOverrides=""></trim> 2019-12-16 21:02 −1.<trim prefix="" suffix="" suffixOverrides="" prefixOverrides=""></trim> prefix:在trim标签内sql语句加上前缀。 suffix:在trim标签内sql语句加上后缀。 prefixOverri... ...
trim-galore-0.6.6|hdfd78af_142KBhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda xopen-1.1.0|py39hf3d152e_220KBhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge---Total:797KBThefollowingNEWpackageswill beINSTALLED:cutadapt anaconda/cloud/bioconda/linux-64::cutadapt-...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。