cutadapt --version #检查是否安装成功 ###配置环境变量(同上) 3.安装Trim Galore TrimGalore: A wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data 3.1. 源代码下载:https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore 查看...
1. 安装命令 mamba install trim-galore 2.报错 image.png 3.既然缺少,那就安装cutadapt, mamba insatall cutadapt 继续报错 image.png 4.查看下现在环境的python版本, mamba list image.png 5.python版本3.9.1,不对,那就安装个对的版本。requires python >3.8,<3.9. 0,指定3.8 mamba insatall python=3.8 ...
1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低质量序列,--length 50表示去除...
参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明 版本信息 Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 FastQC version:0.11.3 依赖环境 FastQC Cutadapt 软件安装 Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面...
https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323 1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 我们比较关心的数据信息 使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ，需要提前装好 2，这两步处理完后可以再次用FastQC看一...
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz ...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore 代码语言:javascript 复制 source activate wes conda install-c bioconda trim-galore trim_galore--help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 ...
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。