Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS (Reduced Representation Bisulfite-Seq )、Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter,如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
--trim-n:移除read一端的reads 三、软件运行命令 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 ##双端数据要指定--paired nohup trim_galore-q25--phred33--length35--stringency3--paired-o./$fq1 $fq2& 批量运行脚本 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 cd03...
求助了健明师兄,他推荐我使用Trim galore做质控,并且一眼看出我这个测序策略是nextseq(不知道他怎么看出来的)。 查了一下Trim galore,是可以自动检测adapter,也发现了自己的错误,trimmomatic只是针对Illumina高通量测序平台设计的接头去除和低质量reads清洗软件,Nextera的接头和它是不一样的(基础知识很重要!!!)。 下面...
我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用...
软件包: trim-galore (0.6.10-1) [universe] automate quality and adapter trimming for DNA sequencing 其他与 trim-galore 有关的软件包 依赖 推荐 建议 enhances cutadapt Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads perl Larry Wall's Practical Extraction and Report Language...
网址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc和cutadapt Trim galore简介 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台...
软件包: trim-galore (0.6.10-1) [universe] automate quality and adapter trimming for DNA sequencing 其他与 trim-galore 有关的软件包 依赖 推荐 建议 enhances cutadapt Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads perl Larry Wall's Practical Extraction and Report Language...
mybatis之<trim prefix="" suffix="" suffixOverrides="" prefixOverrides=""></trim> 2019-12-16 21:02 −1.<trim prefix="" suffix="" suffixOverrides="" prefixOverrides=""></trim> prefix:在trim标签内sql语句加上前缀。 suffix:在trim标签内sql语句加上后缀。 prefixOverri... ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。