报错日志.png 因为我不是很理解报错的原因,所以我重新下载了fq文件,跑了第二次,但结果还是报错。猜测可能是fq文件的问题。接着我从ENA上下载了sra文件,用fastq-dump转fq文件。得到fq文件后再跑trim_galore,代码如下: #sra文件转换fqnohup parallel-fastq-dump--sra-idSRR19781820--threads1--outdir./--split-...
运行后会生成一个txt文件(每一个fastq生成一个文件),是你过滤fastq后的一个summary: SUMMARISINGRUNPARAMETERS===Inputfilename:/gpfs/home/ID/download/SRR1523671_1.fastq.gzTrimmingmode:paired-endTrimGaloreversion:0.5.0Cutadaptversion:1.8.2QualityPhredscore cutoff:30Qualityencoding type selected:ASCII+33Adapte...
trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 代码语言:javascript 复制 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/cat config|whileread iddoarr=${id}fq1=${arr[0]}fq2=${arr[1]}nohup trim_galore-q25--phred33--length36-e0.1--stringency3--paired-o $dir $fq1 $fq2&done config是需要进行处理的文件列表 t...
trim-galore是一个基于Galaxy和cutadapt的工具,用于处理RNA-seq数据中的质量控制和序列修剪。使用trim-galore可以去除低质量的序列、去除接头序列以及修剪序列的长度。以下是使用trim-galore进行处理的步骤:a. 安装trim-galore:首先需要安装Python和pip,然后使用pip安装trim-galore。b. 配置trim-galore参数:根据测序数据的...
结果，过程参考博文 https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323 1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 我们比较关心的数据信息 使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ，需要提前装好 2，这两步处理完后...
Trim Galore根据序列长度过滤修剪后的read，以减小输出文件的大小，避免比对程序因序列长度不足而崩溃。对于成对末端数据，Trim Galore提供--paired选项验证修剪后的read，如果一个序列长度小于某个阈值，完整read对将被删除。如果序列长度满足要求，但序列质量较差，该序列将被写入不成对文件。
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: 代码语言:javascript 复制 --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。--phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的...