Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步: 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列,然后对比前12-13b...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,
--retain_unpaired:对于双端测序结果,一对reads中,如果一个read达到标准,但是对应的另一个要被抛弃,达到标准的read会被单独保存为一个文件。 --gzip和--dont_gzip:清洗后的数据zip打包或者不打包。 -o/--output_dir:输入目录[需要提前建立目录,否则运行会报错]。 -- trim-n : 移除read一端的reads -j :使...
trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC-a2AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirR1.fq.gzR2.fq.gz 更多的参数和用法请参考官方帮助文档。 ·end· —如果喜欢,快分享给...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:
trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirinput.fq AI代码助手复制代码 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir R1.fq.gzR2.fq.gz AI代码助手复制代码...
对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz 看完上述内容,你们掌握怎么使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感...
对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz 1. 更多的参数和用法请参考官方帮助文档。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— ...
1:先进行质控,在过滤接头之前修剪3端低质量碱基,移除reads中低质量部分 2:可以自动检测adapter,自动调用cutadapt 如果不提供接头序列,可以自动检测前100万个序列并找到相关测序标准接头的前12、13bp。 3:可以移除短序列,默认20bp,但是双端测序不建议。
trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz 更多的参数和用法请参考官方帮助文档。