vim trim_galore_batch.sh 输入下面内容: 代码语言:javascript 复制 #!/bin/bash# This isfortrimming a batch dataforiinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9dotrim_galore-q25--phred33--length36--stringency3--paired/data/RNAseq/${i}_1.fq.gz/data/RNAseq/${i}_2.fq.gz--gzip-o/data/RNAseq/...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低...
1Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。 2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1milli...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。
https://www.bioinformatics./projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
1.Trim galore简介 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步: 第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1millio...