适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列,然后对比前12-13bp的序列是否符合以下类型的adapter: ● ...
trim_galore [options] <filename(s)> trim_galore -j 4 -q 25 -e 0.1 --stringency 4 --length 20 --max_n 2 -o outputdir test.fq.gz #单端 trim_galore -j 4 -q 25 -e 0.1 --paired --stringency 4 --length 40 --max_n 4 -o outputdir test_1.fq.gz test_2.fq.gz #双端 ...
在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代...
在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirinput.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir R1.fq.gzR2.fq.gz 更多...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 1. 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
指示Trim Galore从read 1(或单端read)的5'末端删除bp。如果质量非常差,或者5'末端存在某种不希望的偏差,这可能很有用。 默认:关闭 --clip_R2 <int> 指示Trim Galore从read 2的5'末端(仅用于配对末端read)删除bp。如果质量非常差,或者5'末端存在某种不希望的偏差,这可能很有用。 对于配对末端BS-Seq,建议删除...
•支持配对端和单端数据:不管是单端还是配对端测序数据,Trim Galore都能轻松处理,灵活性强。 •甲基化数据处理:专为甲基化数据设计的模式使其在甲基化测序分析中特别有用,减少了误操作的风险。 •开源免费:作为开源工具,Trim Galore不仅免费使用,还拥有活跃的社区支持和丰富的教程,适合初学者学习使用。
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列) ...
1 Trim Galore 是对 FastQC 和 Cutadapt 的包装。2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。3 主要功能包括两步：第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，...