•质量控制修剪:在测序过程中,末端的碱基质量往往会下降,Trim Galore可以基于用户设定的质量阈值修剪掉低质量碱基,确保数据更加可靠。 •配对端数据处理:对于配对端测序(paired-end),Trim Galore可以同时处理两个文件,确保配对端数据的一致性。 •甲基化数据专用模式:Trim Galore还为处理甲基化测序数据(如Bisulfite-...
vim trim_galore_batch.sh 输入下面内容: 代码语言:javascript 复制 #!/bin/bash# This isfortrimming a batch dataforiinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9dotrim_galore-q25--phred33--length36--stringency3--paired/data/RNAseq/${i}_1.fq.gz/data/RNAseq/${i}_2.fq.gz--gzip-o/data/RNAseq/...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
指示Trim Galore在执行适配器/质量修剪后,从read 1(或单端读取)的3'末端删除<int> bp。这可以消除与适配器序列或碱基调用质量无直接相关的3'末端的某些不希望的偏差。 默认:关闭 --three_prime_clip_R2 <int> 指示Trim Galore在执行适配器/质量修剪后,从read 2的3'末端删除<int> bp。这可以消除与适配器序...
2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列) ...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
2 trim_galore适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。3 主要功能包括两步：第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，程序会自动检测前1million的序列）第二步 对比前12-...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ...
该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据,通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。