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Trim Galore version:0.6.2Cutadapt version:1.18Numberofcores usedfortrimming:1Quality Phred score cutoff:25Quality encoding type selected:ASCII+33Adapter sequence:'AGATCGGAAGAGC'(Illumina TruSeq,Sanger iPCR;auto-detected)Maximum trimming error rate:0.1(default)Minimum required adapteroverlap(stringency):3...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,
所以拿一个样本测试了下,下面是完整的报告 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ trim_galore-q25--phred33--length36-e0.1--stringency3--paired-o./trySRR8707702_1.fastq.gzSRR8707702_2.fastq.gz Multicoresupport not enabled.Proceedingwith single-core trimming.PathtoCutadaptsetas:'cutadapt'(default)Cut...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1. 去除reads 3’端的低质量碱基 ...
trim-galore去接头 更新时间:2024年12月12日 综合排序 人气排序 价格 - 确定 所有地区 实力供应商 已核验企业 在线交易 安心购 查看详情 ￥3.00/个 广东广州 pvc水管配件给水弯头立体三四通五通六通20 25塑料管件大全接头 在线交易 48小时发货 少货必赔 破损包赔 宿迁京彩彩电子商务有限公司 3年 查看详情...
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