vim trim_galore_batch.sh 输入下面内容: 代码语言:javascript 复制 #!/bin/bash# This isfortrimming a batch dataforiinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9dotrim_galore-q25--phred33--length36--stringency3--paired/data/RNAseq/${i}_1.fq.gz/data/RNAseq/${i}_2.fq.gz--gzip-o/data/RNAseq/...
经过clock修剪后,生成的文件(.clock_UMI.R1.fq(.gz)和.clock_UMI.R2.fq(.gz))应与Trim Galore一样进行适配器修剪和质量修剪。此外,需要从其3'端剪切read15bp以去除潜在的UMI和固定序列。命令如下: trim_galore --paired --three_prime_clip_R1 15 --three_prime_clip_R2 15 *.clock_UMI.R1.fq.gz ...
数据清洗—【trim_galore】那些事 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动...
Nextera: CTGTCTCTTATA # 同上 如果输入参数--nextera,就会默认trimmed前12bp的adapter 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 其中-a后面可以跟着序列(-a AGATCGGAAGAGC) 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --qual...
对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC-a2AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirR1.fq.gzR2.fq.gz ...
在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirinput.fq AI代码助手复制代码 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir R1.fq...
wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz tar xzvf 0.5.0.tar.gz 在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq ...
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 ...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1 million的序列,然后对比前...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...