由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA的404个捐赠者提供了410个肿瘤样本。 通过这组高质量的 410 个肿瘤样本确定了 562709...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) TCGA数据库肿瘤微环境 TCGA数据库肿...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频(染色质开放性/peak/motif/调控因子) 课程主要内容包括: TCGA数据库ATAC-seq简介 ATAC数据下载
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The ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) BigWig files for TCGA breast, lung, prostate, and bladder cancer samples were sourced from the Corces study (1). These files quantify normalized chromatin accessibility at 100 bp resolution and were prepared using the Hg38...
五项崭新技术服务上线:HiChIP、miCLIP、ATAC-seq、GoldCLIP、RNA结合蛋白TCGA数据挖掘 GoldCLIP-seq整体服务 传统的CLIP方需要利用进行放射性同位素标记示踪以及胶纯化回收RNA文库,实验步骤较为复杂,严重限制了该方法的普及应用。通过技术革新,表观生物隆重推出最新的GoldCLIP-seq(Gel-omitted and ligation-dependent CLIP-...
2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布 2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官 2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因 2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因 因为学业需要,我阅读的大量文献都是NGS组学相关,所以会涉及到很多数据处理,而这些...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1363个喜欢,来抖