差异表达分析：通过对比不同条件下的基因表达水平，揭示潜在的功能基因。表观遗传分析：结合ChIP-seq数据，进一步研究表观遗传调控的内在机制。ENCODE计划致力于全面揭示人类基因组中的功能性元件。该数据库汇集了丰富的转录组信息、表观遗传学数据（例如ChIP-seq和ATAC-seq实验结果），以及多种其他组学领域的资料。ENCODE...
由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA的404个捐赠者提供了410个肿瘤样本。 通过这组高质量的 410 个肿瘤样本确定了 562709...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
通过对410个肿瘤样本的23种肿瘤类型(其中386个样本有技术重复)进行ATAC-seq分析,共绘制出796个染色质可及性图谱,鉴定到562,709个调控元件,即ATAC-seq数据分析中对peaks数目统计,共有562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。其中562,709peaks是总的数目,实际每种癌症类型的peaks数目从 56,125 到215,...
去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制RNA-seq和ChIP-seq的完。。。去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制RNA-seq和ChIP-seq的完。。。⼩丫改进了讲解⽅式，先铺垫背景，提出问题，然后讲解决⽅案，最后举出实际应⽤案例。看效果，求反馈。从基础研究⼈员到临床医⽣，TCGA，⽆⼈不知⽆⼈不晓。没...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频,#生信自学网# 发布TCGA数据库挖掘之ATAC-seq分析 http://t.cn/Eawp5it
TCGA数据库ATAC-seq挖掘 TCGA甲基化驱动基因高级课程 TARGET数据库挖掘之ceRNA GEO分析高级教程多芯片联合分析(生信自学网) COX模型验证如何分train组和test组 COSMIC数据库癌症分析 CGGA数据库挖掘(仅限胶质瘤研究) ArrayExpress数据库挖掘 希望大家好好学习,一起进步!
Data Category:即数据类型,即SNV(简单核苷酸变异)、临床信息样本(clinical、biospecimen)、测序reads、转录分析(tranome profiling)、CNV(拷贝数变异)、DNA甲基化(dna methylation)等等。 Experimental Strategy:选择实验策略,即测序方式,如RNA-seq、scRNA-seq、WXS、miRNA-seq、ATAC-seq、WGS等等。
数据库中基因表达矩阵与样本临床数据进行合并,来了解一下样本barcode ID的构成吧。 TCGA样本barcode组成 TCGA样本ID主要由以下几部分组成,详细见官网链接:https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/ 不同部分的含义如下: 1、TSS TSS:Tissue source site,组织来源机构编码,这里的2表示来自安德森癌症...