ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
通过大规模的基因组和分子分析,TCGA揭示了基因组畸变、转录网络和肿瘤亚型的多样性等。由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA...
表观遗传分析：结合ChIP-seq数据，进一步研究表观遗传调控的内在机制。ENCODE计划致力于全面揭示人类基因组中的功能性元件。该数据库汇集了丰富的转录组信息、表观遗传学数据（例如ChIP-seq和ATAC-seq实验结果），以及多种其他组学领域的资料。ENCODE数据库已成为探索基因调控精密网络的重要信息资源。数据获取与使用：ENCOD...
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) ...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频(染色质开放性/peak/motif/调控因子) 课程主要内容包括: TCGA数据库ATAC-seq简介 ATAC数据下载
数据范畴:测序读数,转录组分析,拷贝数变异,DNA甲基化数据,单核苷酸变异,结构变异,病人临床数据,蛋白组分析,体细胞结构变异,联合核苷酸变异。 数据类型:RNA-seq, WXS, miRNA,Methylation Array, Genotyping Array, Diagnostic Slide, Reverse Phase Protein Array, Tissue Slide, ATAC-Seq, WGS, Targeted Sequencing, ...
The ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) BigWig files for TCGA breast, lung, prostate, and bladder cancer samples were sourced from the Corces study (1). These files quantify normalized chromatin accessibility at 100 bp resolution and were prepared using the Hg38...
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ATAC-seq Hub: https://atacseq.xenahubs.net Singel Cell Xena hub: https://singlecellnew.xenahubs.net 9.3.1.1.5.2. -FIG1-XENATool cleaning and preprocessing of downloaded data[3][4][5] ☺※ the datasets downloaded from xena have been matrixized ## setup pathway for analysis setwd(dir...