ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
通过大规模的基因组和分子分析,TCGA揭示了基因组畸变、转录网络和肿瘤亚型的多样性等。由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA...
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) TCGA数据库肿瘤微环境 TCGA数据库肿...
首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家可以看看生信自学网的另外一个帖子”线性基因组可视化神...
TCGA数据库ATAC-seq数据挖掘试学视频,#生信自学网#发布生信新课程,TCGA数据库挖掘ATAC数据,ATAC数据下载、整理,覆盖图、基因特征图、Upset图、热图绘制,GO、KEGG富集分析。课程链接:http://t.cn/AiKojeRu ...
2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布 2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官 2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因 2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因 因为学业需要,我阅读的大量文献都是NGS组学相关,所以会涉及到很多数据处理,而这些...
Experimental Strategy:选择实验策略,即测序方式,如RNA-seq、scRNA-seq、WXS、miRNA-seq、ATAC-seq、WGS等等。 上述的选项都可以进行单独选择或者勾选多个,若不选择则默认勾选全部。如果从“Exploration”、“Repository”这两个地方进入数据筛选页,筛选项不同,但方法是一样的,这里就不再赘述。
原始数据和三级数据都是开放的,三级数据:https://gdc./about-data/publications/ATACseq-AWG,包括counts,peaks,和bigwig文件等其他中间文件。 ATAC-seq原始数据和bam文件: https://portal.gdc./ 文章纳入的23种肿瘤类型 如下: ACC, adrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌; ...
数据类型:RNA-seq, WXS, miRNA,Methylation Array, Genotyping Array, Diagnostic Slide, Reverse Phase Protein Array, Tissue Slide, ATAC-Seq, WGS, Targeted Sequencing, scRNA-Seq. TCGA是一项伟大的工程,是全美和加拿大的20余所科研院校顶尖科学家的通力合作的成果。这项工程是,个人实验室研究所无法企及的高度...