通过大规模的基因组和分子分析,TCGA揭示了基因组畸变、转录网络和肿瘤亚型的多样性等。由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA...
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) TCGA数据库肿瘤微环境 TCGA数据库肿...
The ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) BigWig files for TCGA breast, lung, prostate, and bladder cancer samples were sourced from the Corces study (1). These files quantify normalized chromatin accessibility at 100 bp resolution and were prepared using the Hg38...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频(染色质开放性/peak/motif/调控因子) 课程主要内容包括: TCGA数据库ATAC-seq简介 ATAC数据下载
Experimental Strategy:选择实验策略,即测序方式,如RNA-seq、scRNA-seq、WXS、miRNA-seq、ATAC-seq、WGS等等。 上述的选项都可以进行单独选择或者勾选多个,若不选择则默认勾选全部。如果从“Exploration”、“Repository”这两个地方进入数据筛选页,筛选项不同,但方法是一样的,这里就不再赘述。
2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布 2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官 2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因 2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因 因为学业需要,我阅读的大量文献都是NGS组学相关,所以会涉及到很多数据处理,而这些...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频,#生信自学网# 发布TCGA数据库挖掘之ATAC-seq分析 http://t.cn/Eawp5it
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