ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
通过大规模的基因组和分子分析,TCGA揭示了基因组畸变、转录网络和肿瘤亚型的多样性等。由于染色质可及性是活性DNA调控元件的标志,ATAC-seq使得评估人类原发性癌症的基因调控成为可能。 03 实验结果 1. ATAC-seq in frozen human cancer samples is highly robust 分析了23种原发性人类癌症的染色质可及性图景,TCGA...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
我们常说以史为鉴,用过去看昭示自己,又常说站在巨人的肩膀上看世界,用前人做好的铺垫完成我们要完成的事业,这门TCGA数据库ATAC-seq挖掘课程也是如此,站在老师的肩膀上去学东西,我们能走得更快更稳些。 另外也给大家推荐一些我经常学习的内容: TARGET数据库挖掘视频(儿童肿瘤) TCGA数据库肿瘤微环境 TCGA数据库肿...
ENCODE计划致力于全面揭示人类基因组中的功能性元件。该数据库汇集了丰富的转录组信息、表观遗传学数据（例如ChIP-seq和ATAC-seq实验结果），以及多种其他组学领域的资料。ENCODE数据库已成为探索基因调控精密网络的重要信息资源。数据获取与使用：ENCODE数据库提供了丰富的数据资源，用户可以通过其官方网站进行访问。GTEx...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频(染色质开放性/peak/motif/调控因子) 课程主要内容包括: TCGA数据库ATAC-seq简介 ATAC数据下载
2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布 2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官 2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因 2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因 因为学业需要,我阅读的大量文献都是NGS组学相关,所以会涉及到很多数据处理,而这些...
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数据类型:RNA-seq, WXS, miRNA,Methylation Array, Genotyping Array, Diagnostic Slide, Reverse Phase Protein Array, Tissue Slide, ATAC-Seq, WGS, Targeted Sequencing, scRNA-Seq. TCGA是一项伟大的工程,是全美和加拿大的20余所科研院校顶尖科学家的通力合作的成果。这项工程是,个人实验室研究所无法企及的高度...
去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制RNA-seq和ChIP-seq的完。。。去TCGA看表型，来CistromeCancer挖机制RNA-seq和ChIP-seq的完。。。⼩丫改进了讲解⽅式，先铺垫背景，提出问题，然后讲解决⽅案，最后举出实际应⽤案例。看效果，求反馈。从基础研究⼈员到临床医⽣，TCGA，⽆⼈不知⽆⼈不晓。没...