网址:https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/2.数据下载选项不同。 GDC hub和TCGA Hub中能下载的数据不同,适用场景也不同。 ① GDC hub:提供的RNA-seq数据下载包括了3种类别: GDC TCGA COAD RNA-seq数据下载 ② TCGA Hub:提供的RNA-seq数据下载包括了4种类别: ...
首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项目 点开logo下方的Projects 从左侧勾选框中找到Program字样,勾选TC...
进入TCGA官网https://protal.gdc.cancer.gov/,选择repository。 根据需求勾选分类,先选cases,再选files,选好后点击manifest下载。 筛选想要的数据 不改变cases,清空files,只勾选data category 中的clinical,和data format中的xml,同样下载manifest文件。 将两个文件都放到gdc_client所在目录,clinical文件需要自己改一下...
可以通过基于用户的基于Web的GDC数据门户访问GDC中的数据,该门户允许浏览,查询和下载数据和元数据。另外,GDC提供了用于下载大量数据的命令行工具,以及用于以编程方式访问GDC功能的应用程序编程接口(API)。 2.6.1 open和controlled的访问数据 GDC中的某些数据是开放访问的,这意味着无需身份验证或授权即可访问它。其他数据...
网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 对于肿瘤研究者来说,TCGA数据库就是一个资源宝库,里面有很多有价值的信息可以挖掘,关于TCGA数据挖掘的工具很多,包括在线工具和R包。这里我们主要是通过R语言进行挖掘,所以需要有一点R语言基础。R语言快速入门可参考文章:R语言编程基础第一篇:语法基础。也可以自己找教程自学,网...
在GDC的首页选中一些DNA甲基化数据,如下: 可以看到数据包含了一个Cases, 两个Files,这里面选择的项目是TCGA-COAD,这是来自结肠癌的一个病人的数据结果。 通过下载这个Manifest文件(红圈标记), 得到一些数据的id信息,文件名信息以及,primary_site信息(肿瘤的发生部位),肿瘤也会发生转移,可以通过自定义查询API的字段去...
https://portal.gdc.cancer.gov/ 进入后就是下图这个看起来非常炫酷的页面,右侧有个人体模型和条形图,展示了人体癌症主要的一些原发部位,将鼠标指向条形图或者人体模型上的不同部位,会显示所指部位收录cases数量和files数量;我们可以通过点击“Projects”、“Exploration”、“Repository”对应的小色块进入数据检索的页面...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ ...
通过GDC（网址：gdc.cancer.gov/），研究者可以访问高质量的标准化生物样本、临床和分子数据，轻松搜索、下载并分析临床信息、基因组特征数据，进行肿瘤基因组数据的高级序列分析。GDC包含的数据类型丰富，涵盖了多种人类癌症基因组变化的全面描述。首页对TCGA所收录的数据进行了统计，截至2019年3月26日，V16...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...