TCGA于近期再次改版。本人通过反复下载、踩坑,我整理出了最新版数据的下载教程。 以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo...
GDC相当于替代了TCGA Data Portal 这个网站,但它不只包含TCGA的数据,还有TARGET、CGCI及其他CCG计划的数据,并对数据重新进行了整合分析,可以提供统一的癌症基因组数据。 ▲网址:gdc.cancer.gov/ GDC(Genomic Data Commons)是美国National Cancer Institute(NCI)的研究计划,使命是为癌症研究界提供统一的数据存储库,以便...
在GDCRNATools中,提供了gdc-client方法通过指定data.type和project.id参数自动下载数据。 直接运行如下代码可能会报错,是因为R包内的gdc-client版本过低,我们需要自己下载新版本的gdc-client,解压后替换掉原来的gdc-client_v1.3.0,下载地址是:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 代码语言:j...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
在GDC的首页选中一些DNA甲基化数据,如下: 可以看到数据包含了一个Cases, 两个Files,这里面选择的项目是TCGA-COAD,这是来自结肠癌的一个病人的数据结果。 通过下载这个Manifest文件(红圈标记), 得到一些数据的id信息,文件名信息以及,primary_site信息(肿瘤的发生部位),肿瘤也会发生转移,可以通过自定义查询API的字段去...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
https://portal.gdc.cancer.gov/ STEP:2 点击主页中的“Exploration”选项框 STEP:3 进入Exploration页面后,你会看到右侧有一个选项卡,这个选项卡可以帮助我们筛选自己想要的研究对象。 选项卡共分三栏 Cases:选择研究对象; Genes:筛选研究的基因; Mutations:筛选变异位点 ...
GDCquery(project, data.category, data.type, workflow.type, legacy = FALSE, access, platform, file.type, barcode, data.format, experimental.strategy, sample.type) 官方的参数说明比较简单: 简单的使用举例: query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC", data.category = "Copy Number Variation", data....
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 ...
今天,只聊一下 RedHat/CentOS 下 gdc-client 安装的那些事。 gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 Cent...