TCGA官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 官方网址目前默认是GDC 2.0版本,网上教程最多还是v1版本,可以点击红框位置进入GDC 1.0版本进行检索,或者直接点击GDC 1.0版本链接进入:https://portal.gdc.cancer.gov/v1/ TCGA(GDC2.0)官网主页 1. GDC 1.0版本检索 目前GDC 1.0版本教程较多,检索方便,先以1.0进行介绍 ...
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详细介绍。对于应用最为广泛的RNA...
但是GDC官网里面的数据信息存放单位是样品,每次都是根据要求下载指定的数据即可,无需取子集。 其实GDC官网也是有R包接口,就是TCGA数据库R包集大成者TCGAbiolinks,可以看到其教程非常丰富https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html Introduction Searching GDC database Downloading and prepa...
https://github.com/chenwi/TCGAD/blob/master/gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip TCGA官网数据检索 如果在官网下,需要点击右边的Launch Data Portal,也就是上面TCGA数据下载的网址 进入到数据下载页面(可以直接点击上面TCGA数据下载网址)后,看到的目前版本如下,目前已有40个project,32555个case。 我以白血病(AML...
1、TCGA官网GDC https://portal.gdc.cancer.gov/ 2、cbioportal https://www.cbioportal.org/ 3、xena [https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20Pan-Cancer%20(PANCAN)&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443]
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详细介绍。对于应用最为广泛的RNA...
TCGA数据库 是 生物信息分析经常需要用到的数据库,今天学习了一下怎么在其官网上下载数据集 以下以下载肾上腺皮质癌患者的miRNA表达数据为例,来讲解具体的过程 第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右侧的 Repository,进入仓库 ...
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Re...
1.首先进入TCGA官网 TCGA官网网址:GDC (cancer.gov)[https://portal.gdc.cancer.gov/] 2.注意所圈出的Cart,如果C...
GDC官网地址:GDC Data Portal Homepage (cancer.gov) 概念 TCGA TCGA, 全称为The Cancer Genome Atlas(癌症基因组图谱)。这个数据库主要做的就是肿瘤相关的数据库。 GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来...