进入TCGA官网https://protal.gdc.cancer.gov/,选择repository。 根据需求勾选分类,先选cases,再选files,选好后点击manifest下载。 筛选想要的数据 不改变cases,清空files,只勾选data category 中的clinical,和data format中的xml,同样下载manifest文件。 将两个文件都放到gdc_client所在目录,clinical文件需要自己改一下...
一、GDC client下载 1.从网页选择数据,下载manifest文件 数据存放网站:https://portal.gdc.cancer.gov/ 在Repository勾选自己需要的case和file类型。以CHOL为例: case-Project选择TCGA-CHOL。 file-选择如图: 左右分别是expdata 和clinical的样本选择截图。选好后,点击右侧manifest键下载对应的清单文件。 2.使用gdc-...
下载数据:使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据:在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵:将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。 添加行列名:确保行名为基因ID,列名为样本ID。 获取样本与文件名对应关系:便于后续分析。 使用easyTCGA包:简化TCGA数据的操作。 本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的d...
1)GDC网站界面搜索 2)直接网页下载 3)GDC-Client工具下载 ICGC测序数据下载 ICGC(国际肿瘤基因组协会)成立于2007年,旨在开展和协调全球的众多肿瘤研究项目,揭示肿瘤的基因组变化,从而改善癌症的治疗和预防。 ICGC确立了3个主要目标任务: 1)计划收集25000例未经治疗的原发肿瘤基因组学数据; ...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件...
所有数据一共15.14MB,也不大,可以直接在网页下载,但是,本教程是讲解使用官方API下载,数据小更好演示,下面具体讲解使用gdc-client下载数据。(TCGA数据库在数据下载有规定:让Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。所以我这次要使用Data Transfer Tool工具来下载数据。) 首先点击上图中Manifest 这...
今天,只聊一下 RedHat/CentOS 下 gdc-client 安装的那些事。 gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 Cent...
使用gdc-client批量下载TCGA数据 GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...