TCGA官网:https://cancergenome.nih.gov/TCGA数据下载网址:https://portal.gdc.cancer.gov/Data Transfer Tool网址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool如果下载慢,我这提供一份下载好的连接:https://github.com/chenwi/TCGAD/blob/master/gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip TCGA...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 R...
本系列是我的TCGA学习记录,跟着生信技能树B站课程学的,已获得授权(嗯,真的^_^)。课程链接:https://www.bilibili.com/video/av493637761.从数据库下载manifest文件数据存放网站: https://portal.gdc.cancer.…
使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息 在GDC中,对肿瘤患者的临床信息进行了标准化,分成了以下7个类别 Demographic Diagnosis Exposure Family History Follow Up Molecular Test Treatment 在以下链接中,提供临床信息的具体列表,共有200多项 https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/clinical-...
linux服务器下载TCGA中数据需要使用TCGA官方推出的下载软件——GDC Data Transfer Tool,本文简要介绍其下载,安装以及使用 步骤1:下载软件 进入官网GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov)下载Linux版本GDC Data Transfer Tool 我们要下载的是其中的gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64版本,这是20...
API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下 https://gdc.cancer.gov/developers/gdc-application-programming-interface-api API都有一个base url, 通过base url加上内置的指令,可以实现特定数据集的...
的相关分子、基因层面的信息,NCI Genomic Data Commons便是为了解决这个问题而产生的工具,主要是由芝加哥大学、Ontario Institute for Cancer Research、Leidos Biomedical Research,在NCI补助下,所建置的共享癌症研究数据的云端服务癌症基因组学数据共享中心 (GDC) ,他们收录了所有在NCI补助下的项目数据,包含TCGA和TARGET ...
TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料 临床资料因为一直在更新,很多朋友可能需要去下载最新版的,所以不得不使用GDC官网下载的方式。 GDC给出了一系列的用户友好的选择框,你只需要根据条条框框来选择就可以下载到自己想要的数据,而不需要去几百个文件夹里面漫无目的的查找了。 https://gdc-portal.nci....