下载界面直达:https://portal.gdc.cancer.gov/analysis_page?app=Downloads 数据下载界面 浏览器搜索TCGA,点击GDC Data Portal 搜索“TCGA”后,点击“GDC Data Portal” 点击Repository 数据下载界面 选择所需数据 这步和旧版界面不一样 下载肝癌的数据} ...
这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Data Portal,区别主要是注释参考基因组版本不同分别是:GDC Legacy Archive(hg19和GDC Data Portal(hg38)。参数默认为FALSE,下载GDC Data Portal(hg38)。这里建议是,下载转录组层面的数据使用hg38,下载DNA层面的数据使用hg19,因为比如做SNP分...
点击Cart,就会进入下载页面,我们需要两个数据,一个是Sample Sheet,一个是直接下载Cart数据(如果使用推荐工具GDC Data Transfer Tool下载就需要下载Manifest,然后根据该文件下载Cart数据) 3.2 GDC Data Transfer Tool下载数据 点击Download->Cart->GDC Data Transfer Tool选择适用自己的版本进行下载,这里选择Windows桌面版本...
进入GDC data portal-->Respository栏目,勾选下面选项:(注意,TCGA更新后的Workflow Type一栏只有STAR - Counts,即将原来的HTSeq-Counts、HTSeq-FPKM、HTSeq-FPKM-UQ数据都放入了一个文件中) 对删选到的文件,可一键全部添加到cart或手动添加到cart: 这里我选择下载10个文件作为示范,需要点击这三个地方下载临床数据(...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc./ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 ...
1、GDC Data Portal;【TCGA官网默认模式】 2、GDC Legacy Archive; 不知道这两种区别的童鞋,继续往下看有解释。 那既然找不到我们要的区分平台的数据,可以点开左上角这个看看: 显示如下: 提示我们可以去 GDC Legacy Archive 上看看有没有这个数据:
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ ...
data.category ="Copy Number Variation", data.type ="Copy Number Segment") 注:GDCquery函数参数详解官网网址: http://www./packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html#useful_information 安装R包 老规矩,使用我们生信技能树的镜像切换大法,保证分分钟安装成功!
优点:数据也来源于portal.gdc.cancer.gov,但是将同一种癌症、同种类型的数据合并到了一起,超级方便,一键下载,无需合并数据。 下载方法介绍: 点击LUAD对应的Data-Browse 稍等片刻,会弹出LUAD项目所有样本合并后的3级数据,需要什么数据点击文本即可下载,非常方便快捷。当然也可以下载临床数据等,各取所需了。
网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 对于肿瘤研究者来说,TCGA数据库就是一个资源宝库,里面有很多有价值的信息可以挖掘,关于TCGA数据挖掘的工具很多,包括在线工具和R包。这里我们主要是通过R语言进行挖掘,所以需要有一点R语言基础。R语言快速入门可参考文章:R语言编程基础第一篇:语法基础。也可以自己找教程自学,网...