要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成: 1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件 TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址: https:/…
5.在CMD命令符窗口在此输入“C:\Users\mac\gdc-client_v1.4.0_Windows_x64\gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20190930_045432.txt” 即可以看到开始下载文件。可以将“C:\Users\mac\gdc-client_v1.4.0_Windows_x64\gdc-client.exe download -m ”作为模板,下次只需要复制manifest的名字即可。 你ge...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows 和 Ubuntu 的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 R...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件 ...
gdc-client 下载TCGA数据 最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
使用gdc-client批量下载TCGA数据 欢迎关注”生信修炼手册”! GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool...
1.下载:wget https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 2.解压: unzip -n gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64.zip 3.验证是否成功: ./gdc-client --help4. ./gdc-client download -m [manifest文件绝对路径]...