使用GDC Data Transfer Tool下载TCGA的数据。搜到的教程要么界面是旧的,要么比较复杂看得我有点晕。自己摸索了一下,算是我自己的学习笔记。希望能帮助到别人。, 视频播放量 265、弹幕量 0、点赞数 6、投硬币枚数 6、收藏人数 6、转发人数 0, 视频作者 慕婉枫, 作者简介 随
转载请引用链接。 一.GDC(Genomic Data Commons): 替代TCGA Data Portal网络,包含TCGA、TARGET、CGCI计划的数据,并对数据进行整合分类,提供统一的癌症基因组数据。 网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 内容: 四大模块:Projects、Exploration、Analysis、Repository Projects和Exploration查看CDC中所有的项目、病例、基因...
1)进入GDC2.0网站GDC Analysis Center (cancer.gov) 2)选择队列+筛选类型+下载manifest3)将manifest上传服务器或者将其存放到本地(windows系统) 4) linux下载GDC(如果是windows系统,跳转步骤6) 游子桀:TCGA下…
GDC,Genomic Data Commons,整合了TCGA、TARGET、CGCI计划的数据,提供统一的癌症基因组数据。访问GDC官网,通过Projects和Exploration可以查看所有项目、病例、基因、变体,Analysis模块可以对已选择的数据集进行特征分析。GDC用途广泛,包括检索肿瘤相关信息、选择数据建立数据集进行在线比对和可视化分析,以及下载...
通过GDC(网址:gdc.cancer.gov/),研究者可以访问高质量的标准化生物样本、临床和分子数据,轻松搜索、下载并分析临床信息、基因组特征数据,进行肿瘤基因组数据的高级序列分析。GDC包含的数据类型丰富,涵盖了多种人类癌症基因组变化的全面描述。首页对TCGA所收录的数据进行了统计,截至2019年3月26日,V16...
TCGA(The Cancer Genome Atlas)和GDC(Genomic Data Commons)是两个致力于肿瘤基因组学研究的重要数据库,其丰富的数据使得研究者可以深入探索lncRNA和蛋白编码RNA在肿瘤中的功能和作用机制。 二、lncRNA在肿瘤中的作用 1. lncRNA的概念和特点 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 nt的RNA分子,其在细胞中广泛...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ ...
以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 ...
UCSC Xena数据库提供TCGA数据,包含GDC Hub(GDC TCGA COAD)与TCGA hub(TCGA COAD)两个来源。它们之间的主要区别在于数据更新时间和可下载数据种类。更新时间方面,GDC Hub的版本为2019年7月19日,与TCGA官方数据更新至2019年7月8日的v18.0版本相匹配。而TCGA hub的版本为2017年10月13日,对应TCGA...
首先,访问GDC Data Transfer Tool官网(cancer.gov)下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本,即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64,日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中,输入以下命令以下载压缩包:如果下载速度慢,考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包,然后通过winscp...