TCGA(the cancer Genome Atlas,肿瘤基因组图谱)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research Institute(NHGRI)于2006年联合启动的项目。尽管项目已于2018年4月结束,但其…
Repository批量下载数据 GDC目前包括45个项目(projects)、68个肿瘤组织(primary sites)、33549个病例(cases)、365463个文件(files)、22872个基因(genes)、3142246个变体(mutations) 二、GDC用途: 1.检索肿瘤相关信息,包括组织切片、病例分布等 2.选择数据建立数据集,进入GSC首页点击Analysis模块对数据间特征在线比对进行...
通过GDC（网址：gdc.cancer.gov/），研究者可以访问高质量的标准化生物样本、临床和分子数据，轻松搜索、下载并分析临床信息、基因组特征数据，进行肿瘤基因组数据的高级序列分析。GDC包含的数据类型丰富，涵盖了多种人类癌症基因组变化的全面描述。首页对TCGA所收录的数据进行了统计，截至2019年3月26日，V16...
GDC，Genomic Data Commons，整合了TCGA、TARGET、CGCI计划的数据，提供统一的癌症基因组数据。访问GDC官网，通过Projects和Exploration可以查看所有项目、病例、基因、变体，Analysis模块可以对已选择的数据集进行特征分析。GDC用途广泛，包括检索肿瘤相关信息、选择数据建立数据集进行在线比对和可视化分析，以及下载...
使用GDC Data Transfer Tool下载TCGA的数据。搜到的教程要么界面是旧的,要么比较复杂看得我有点晕。自己摸索了一下,算是我自己的学习笔记。希望能帮助到别人。, 视频播放量 1020、弹幕量 1、点赞数 20、投硬币枚数 14、收藏人数 30、转发人数 5, 视频作者 慕婉枫, 作者简
TCGA(The Cancer Genome Atlas)和GDC(Genomic Data Commons)是两个致力于肿瘤基因组学研究的重要数据库,其丰富的数据使得研究者可以深入探索lncRNA和蛋白编码RNA在肿瘤中的功能和作用机制。 二、lncRNA在肿瘤中的作用 1. lncRNA的概念和特点 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 nt的RNA分子,其在细胞中广泛...
在这部分,我们将使用TCGA-CHOL整个数据集为例,详细说明GDCRNATools的使用方法。 01 RNA和miRNA表达数据的下载 在GDCRNATools中,提供了gdc-client方法通过指定data.type和project.id参数自动下载数据。 直接运行如下代码可能会报错,是因为R包内的gdc-client版本过低,我们需要自己下载新版本的gdc-client,解压后替换掉原来...
步骤1：进入网站 使用谷歌浏览器打开新版TCGA网站，进入首页。步骤2：清空购物车 点击右上角的Cart按钮，进入购物车页面，点击网站logo下方蓝条中的红色按钮清空购物车。步骤3：选定并保存项目 点击logo下方的Projects，从左侧勾选框中找到Program，勾选TCGA，右侧找到需要的癌种BLCA，点击TCGA-BLCA超链接。...
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x64，日期为2023年9月26日。在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp...
以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项...